Hay evidencias de que las islas estaban habitadas en época prehistórica, y se han descubierto herramientas de la cultura esquimal Dorset en San Pedro, algunas datadas en el siglo XXX a. C.

Los primeros asentamientos europeos en San Pedro y Miquelón datan del siglo XVI.[1]​ Estos asentamientos europeos franceses de las islas están entre los más antiguos de América, junto con los de España y Portugal, datando al menos de principios del siglo XVI. Al principio fueron solo balleneros vascos los que visitaban las islas de manera estacional durante la temporada de pesca, pero a mediados del siglo XVII ya había población francesa asentada de manera permanente.

Las islas fueron utilizadas como base pesquera estacional por los franceses de La Rochela, Granville, Saint-Malo y del País Vasco francés. El territorio fue apreciado por sus ricos caladeros de pesca, se caracterizaron por periodos conflictivos entre Francia e Inglaterra.

Al final del siglo XVII y principios del siglo XVIII, los ataques ingleses en la isla y la ratificación del Tratado de Utrecht obligaron a la población francesa a abandonarla, y los británicos tomaron posesión de ella durante 50 años, desde 1713 hasta 1763. Los franceses recuperaron la isla gracias al Tratado de París (1763) (por el que los franceses cedían todo el territorio de Nueva Francia a Inglaterra, salvo las islas de San Pedro y Miquelón, para finalizar la guerra de los Siete Años). Los colonos volvieron a vivir tranquilos durante 15 años.

Entre 1763 y 1778, las islas se convirtieron en refugio de los acadianos deportados de Nueva Escocia, en Canadá. Pero después de una derrota sufrida en Quebec por las tropas estadounidenses y francesas, las fuerzas británicas de Nueva Escocia atacaron las islas en 1778, y deportaron a la población compuesta por los refugiados de la expulsión de los acadianos de 1755.

En 1778 las islas fueron atacadas y la población fue deportada por los ingleses debido al apoyo de Francia hacia las Trece excolonias británicas durante su lucha por la independencia de los Estados Unidos.

Edad Contemporánea  La Iglesia de Nuestra Señora de los Marinos de San Pedro y Miquelón, terminada en 1874

A pesar de que Francia recuperó el control de las islas en 1783, para 1793, la hostilidad británica hacia la Revolución francesa y el hecho de que Francia había declarado la guerra a Inglaterra en apoyo a la guerra de Independencia de los Estados Unidos llevó a un nuevo ataque inglés a las islas y la deportación de toda la población. La posesión de San Pedro y Miquelón pasaron de uno a otro bando por 38 años, mientras los isleños sufrían los ataques de ambos bandos y abandonaban la isla de manera forzada o voluntaria, incluso con la agitación producida por la Revolución francesa.

Las islas fueron finalmente devueltas a Francia después de la segunda abdicación de Napoleón Bonaparte en 1815, siguiendo setenta años de prosperidad para su industria pesquera y sus habitantes. Sin embargo, después de la restauración de Luis XVIII de Francia los cambios políticos y económicos llevaron a un lento declive de la industria pesquera a finales del siglo XIX. Para esta época las islas representaban ya el único vestigio remanente de las vastas posesiones de Francia en América del Norte.

Durante la Ley seca en los Estados Unidos la isla disfrutó de un ascenso económico de trece años, gracias al papel que tuvo dentro del tráfico ilegal de alcohol, donde destacaba para las importaciones de vino francés, llegando incluso a recibir la visita del conocido mafioso Al Capone en 1927. Al finalizar la prohibición de la Ley Seca en 1933, la economía se hundió en la recesión, a lo que hay que añadir la crisis de 1929 que todavía afectaba al mundo.

Durante la Segunda Guerra Mundial, después la ocupación de Francia por las Fuerzas del Eje, el gobernador Gilbert de Bournat se mantuvo leal al Gobierno de Vichy, teniendo que negociar tratados financieros con las autoridades estadounidenses para conseguir créditos respaldados por el tesoro francés. Al mismo tiempo, Canadá estaba considerando la invasión de las islas. Muchos pretextos fueron empleados, especialmente los programas de radio con la propaganda del régimen de Vichy que se emitían desde las islas, e incluso se alegaba que dicha emisora estaba ayudando a los submarinos de la Kriegsmarine en los Grandes Bancos, aunque nunca fue probado. En la Navidad de 1941 las fuerzas de Francia Libre tomaron el control de las islas.[2]​ San Pedro y Miquelón se volvieron entonces el foco de serias rencillas entre las Fuerzas de Francia Libre y el Departamento de Estado de los Estados Unidos que envió tropas para tomar el control de las islas.

Bajo las órdenes de Charles de Gaulle, el almirante Émile Muselier organizó la "liberación" de San Pedro y Miquelón, sin el consentimiento o conocimiento de las autoridades de Estados Unidos o Canadá. El 24 de diciembre de 1941 una flotilla de la Francia Libre guiada por el submarino Surcouf tomó control de las islas sin resistencia. De Gaulle organizó un referéndum, que le fue favorable, y las islas se convirtieron así en el primer territorio en unirse a la Francia Libre. El suceso llevó a una duradera desconfianza entre Charles de Gaulle y el entonces presidente estadounidense Franklin Delano Roosevelt.

 San Pedro en 1921.

El general De Gaulle realizó una visita de reconocimiento en 1967,[3]​ una de las tres visitas de jefes de Estado que ha tenido la isla (François Mitterrand en 1987 y Jacques Chirac en 1999). Otra visita ilustre que precedió a las anteriores fue la de François-René de Chateaubriand en 1791, que inmortalizaría el archipiélago en sus "Memorias de Ultratumba" (Mémoires d'Outre-Tombe).

Las islas fueron declaradas territorio de ultramar en 1945 y departamento de ultramar en 1976. Este estatus fue modificado el 11 de junio de 1985 y las islas se convirtieron en una colectividad territorial, un estatus especial que solo comparte con las islas de Wallis y Futuna en el océano Pacífico. En la revisión de la Constitución del 28 de marzo de 2003 se creó la categoría genérica de la colectividad de ultramar, en la que se englobaría a San Pedro y Miquelón. El estatus actual está fijado en el código general de los colectivos territoriales, por la ley orgánica n.º 2007-223 del 21 de febrero de 2007.

↑ Error en la cita: Etiqueta <ref> no válida; no se ha definido el contenido de las referencias llamadas LBV ↑ «Emmanuel Macron à Saint-Pierre et Miquelon le 24 décembre 2018 ?». France Television (en francés). 26 de diciembre de 2017. Consultado el 31 de marzo de 2020.  ↑ Diario Vasco, 22 de julio de 1967