Las montañas Dewa Sanzan son particularmente notables por tener la historia más antigua de la adoración de montaña en Japón. Las montañas se abrieron por primera vez como un centro religioso hace más de 1400 años, en 593 por el príncipe Hachiko, que era el hijo primogénito del Emperador Sushun, el emperador 32 de Japón y el emperador reinante en ese momento. El prince Hachiko llegó a la provincia de Dewa en 593 después de huir del clan Soga tras el asesinato de su padre. Eventualmente dedicó el resto de su vida a actividades religiosas, con el tiempo llevó a cabo ejercicios ascéticos difíciles y un período de penitencia, que llevó a su adoración de Haguro Gongen, la deidad de la montaña. Después de esto, el príncipe comenzó el culto a las montañas y Gassan Yudono, lo que llevó a la consagración de las tres deidades en el templo situado en la cima del Monte Haguro.

Tras la consagración de las montañas Dewa Sanzan como centro importante de las creencias religiosas ascéticas, muchas personas comenzaron a hacer peregrinaciones anuales a las montañas para pagar reverencia, incluso senderismo de miles de kilómetros para visitar los santuarios durante los meses de verano. Estas peregrinaciones cobraron importancia para muchas religiones y las montañas sirven como un lugar de aprendizaje para los diferentes sistemas de creencias, pero eran muy particularmente importante para el Shugendō. Varias personas notables realizaron esta peregrinación a la Dewa Sanzan por incluir En no Gyōja, el fundador del ascetismo Shugendō, así como Kūkai, el fundador de la secta budista Shingon.

Después de la restauración Meiji en 1868, el gobierno japonés disolvió el patrón de fusión Shintō-budista y el sintoísmo fue seleccionada únicamente como la religión oficial del estado. El Shugendō se vio afectado negativamente por esta división y muchos sacerdotes del Shugendō regresaron a la vida secular. Tras el final de la Segunda Guerra Mundial, sin embargo, "se le permitió al Shugendō disfrutar de una condición de un grupo religioso de menor importancia. Estos cambios en la asociación religiosa también alteraron la designación de los santuarios ubicados en el Dewa Sanzan. Hoy en día, los santuarios en el monte Haguro y el monte Yudono se designan como kokuhei shosha, mientras que el santuario en el monte Gassan, el santuario Gassan ahora se considera un kanpei taisha.