Mapa de las antiguas colonias griegas en Iliria e islas del Mar Adriático con la ubicación de Tragurio.

En el siglo III a. C., Tragurio fue fundado por colonos griegos procedentes de la Isla de Vis, desarrollándose como un importante puerto hasta la llegada del Imperio romano. La rápida prosperidad de Salona (hoy Solin, cerca de Split) redujo la importancia de Trogir. Durante la migración de los eslavos, los ciudadanos de la destruida Salona huyeron a Trogir. A partir del siglo IX, Trogir pagó tributos a los sucesivos reyes de Croacia. La diócesis de Trogir fue establecida en el siglo XI (abolida en 1828) y en el 1107 quedó al cargo del rey húngaro Coloman, ganando de este modo su autonomía como ciudad.

En 1123 fue conquistada y casi completamente destruida por los sarracenos. Sin embargo, Trogir se recuperó tras un corto periodo experimentando una poderosa prosperidad económica durante los siglos XII y XIII. En 1242 el rey Béla IV encontró refugio aquí cuando huía de los tártaros. En los siglos XIII y XIV, la Familia Šubić regentó frecuentemente el ducado de Trogir, elegidos por los ciudadanos; Mladen III 1348, de acuerdo a la inscripción que aparece en el sepulcro de la Catedral de Trogir, llamada "el escudo de los croatas", fue uno de los miembros más prominentes de la familia Šubic.

En 1420, comienza un largo periodo bajo control veneciano. Con la caída de Venecia en 1797, Trogir pasa a formar parte del Imperio austrohúngaro que tuvo el control de la ciudad hasta 1918, excepto durante la ocupación de la ciudad por parte de Francia entre 1806 y 1814.

Tras la Primera guerra mundial, Trogir, junto con toda Croacia, pasó a formar parte del "Estado de los Eslovenos, Croatas y Serbios", lo que posteriormente sería conocido como Yugoslavia. Los Dalmatos Italianos de Traú, bajo el mando del conde Farfogna, trataron de imitar lo que hizo D'Annunzio en Fiume creando un territorio italiano independiente en 1919, pero el tentivo fracasó. Durante la Segunda guerra mundial, Trogir fue ocupado por Italia y posteriormente liberado en 1944. A partir de entonces perteneció a Yugoslavia, y desde 1991 a Croacia.