La historia de Yazd se remonta 3.000 años, a los tiempos del imperio medo, cuando era conocida por Ysatis (o Issatis). El nombre actual de la ciudad pudo haber derivado de Yazdgard I, rey sasánida. La ciudad fue un centro zoroastriano durante la época sasánida. Tras la conquista árabe de Persia, mucho zoroastrianos emigraron de las provincias vecinas a Yazd. La ciudad se mantuvo zoroastriana aun tras la conquista árabe pagando tributo, aunque gradualmente el islam se fue imponiendo.

Debido a su ubicación apartada y su difícil acceso, la ciudad se mantuvo inmune a muchas batallas y a la destrucción y saqueos de guerra. Llegó a ser un refugio para aquellos que huían de otras partes de Persia durante la invasión mongol de Gengis Kan. En 1272 fue visitada por Marco Polo quien comentó sobre la industria textil de la seda. Sirvió brevemente como capital de la dinastía muzafarida hacia el siglo XIV, y fue sitiada infructuosamente por los inyuidas dirigidos por Shaikh Abu Ishaq en 1350-1351.

En este lugar y en sus alrededores se pueden encontrar edificios de la época zoroastriana, en especial las llamadas "Torres del Silencio", en las cual practicaban sus ritos fúnebres.

Durante la época de Pahlavi I, un gran grupo de kurdos de la tribu Gulbaghi se trasladó desde el norte de la provincia de Kurdistán a la ciudad de Yazd y las ciudades de Isfahan, Kashan y Nayin, y hoy en día, los kurdos son elementos más asimilados en la población de estas ciudades.[1]​[2]​