Samarkanda Behe Paleolitotik da gizakien bizileku eta Asia Erdialdeko zibilizazioaren sorlekuetako bat da. Samarkandatik hurbil Afrasiab arkeologia gunea dago, hiriaren aurrekaritzat jotzen dena, K.a. VII mendean sortua. Samarkanda Sogdianako hiribura zen Persiako akemenestar dinastiaren garaian, Alexandro Handiak hiri konkistatu zuenean K. a. 329 inguruan. garai hartan hiriak Marakanda izena zuen grezieraz. Sasaniar Inperioan Samarkandaren garrantzia handituz joan zen, Persiar Inperioko nagusietako bat bihurtzeraino.

 

Sherdor madrasa

712an arabiarrek konkistatu zuten. Talasko batailan arabiarrek txinatar papergileak atzeman zituzten eta Samarkanda islamdar munduko paper fabrikazio gune nagusia bihurtu zen. Omar Khayyam matematikari, astronomo eta poeta (1048-1131) bertan bizi izan zen 1072 eta 1074 artean, Ispahanen kokatu aurretik Malik Xaa I.a sultan seljukarraren gonbiteari jarraituz. 1220an Genghis Khan hiria suntsitu zuen. Ibn Battuta bertatik igaro zen 1335 inguruan eta hiria oraindik guztiz berreraiki gabe zegoen.

1369an Inperio Timuridoaren hiriburu bihurtu zuen Tamerlanek, eta Persiatik Daniel profetaren ustezko erlikiak ekarri zituen. Tamerlanen oinordekoek eraikitako monumentuak dira Samarkandaren nortasuna.

1507an uzbekoek timuridoak garaitu zituzten eta hiria bereganatu. Oraingo Uzbekistanen zatiketan hiru khanerritan (Khiva, Bukhara eta Kokand), hiria Bukharako khanerrira atxiki zuten.

1868an errusiarren agindupera igaro zen eta 1925ean sobietar Uzbekistango hiriburu bihurtu. Bost urte geroago, ordea, hiriburutza galdu zuen Tashkenten mesedetan.