کلیسای جامع باگراتی در سال‌های ابتدایی سده یازدهم میلادی، در طول فرمانروایی پادشاه گرجی، بگرات سوم ساخته شد که کلیسا نامش را از او می‌گیرد. در سال ۱۶۹۲، به دلیل یک انفجار به دست سربازان عثمانی که به پادشاهی ایمرتی یورش برده بودند، بخش‌هایی از کلیسا ویران شد. این رویداد باعث ریزش گنبد و سقف کلیسا شد.

کارهای حفاظت و بازسازی و همچنین پژوهش‌های تاریخی در دهه ۱۹۵۰ میلادی به رهبری معمار گرجی، وختنگ تسینتسادزه در کلیسا آغاز شد. کارهای بازسازی توسط تسینتسادزه به شش مرحله تقسیم شد و چندین دهه تا سال ۱۹۹۴ ادامه داشت.[۱] در همان سال، کلیسای جامع بگراتی در کنار صومعه گلاتی با هم به عنوان یک میراث جهانی یونسکو ثبت شدند. در سال ۲۰۰۱، مالکیت کلیسا از دولت گرجستان به کلیسای ارتدکس گرجی انتقال یافت. هم‌اکنون این کلیسا کاربردهای محدود مذهبی دارد، اما گردشگران و زائران زیادی را به خود جذب می‌کند. هم‌اکنون کلیسای جامع بگراتی، به عنوان نماد شهر کوتائیسی به کار می‌رود و یکی از جاذبه‌های گردشگری اصلی آن است.