مسجد چقچن (اردو: مسجد چقچن; به معنی «مسجد معجزه آسا» ) مسجدی واقع در شهر خپلو در گلگت-بلتستان، در شمال پاکستان است. این مسجد متعلق به سال ۱۳۷۰ میلادی است و یکی از قدیمی‌ترین مسجدها در منطقه است و مربوط به زمانی است که مردم این منطقه یکباره از آیین بودایی به اسلام، تغییر دین دادند. طراحی مسجد به شدت تحت تأثیر معماری دره کشمیر است و به احتمال زیاد، صنعتگران کشمیری آن را ساخته‌اند.