Kivityökalut, aseet ja suurten kivirakennelmien jäänteet kertovat maan olleen asutettu jo 2000-luvulla eaa. Lhomonin valtion (kirjaimellisesti ”eteläinen pimeys”) tai Monyulin valtion (”pimeä maa”, nimi viittaa Bhutanin alkuasukkaisiin monpiin) on arveltu olleen olemassa noin 500 eaa.–600 jaa. Nimet Lhomon tsendenjong (santelipuumaa) ja Lhomon khazhi (neljän reitin/lähestymisen maa) esiintyvät vanhoissa tiibetiläisissä ja bhutanilaisissa kronikoissa.[1]

Varhaisin Bhutanissa muistiinkirjattu tapahtuma oli buddhalaisen pyhimyksen Padmasambhavan (tunnetaan myös nimellä Guru Rinpoche) kauttakulkumatka 700-luvulla. Bhutanin varhaishistoriasta tiedetään vähän, sillä suuri osa vanhoista asiakirjoista tuhoutui vanhan pääkaupungin Punakhan palossa 1827. 900-luvulla Bhutanin poliittiseen järjestelmään vaikutti suuresti maan uskonto. Syntyi useita tiibetiläisten ja mongolihallitsijoiden tukemia buddhalaisuuden suuntauksia. Mongolien vallan vähennyttyä 1300-luvulla suuntaukset kilpailivat keskenään poliittisesta ja uskonnollisesta vallasta. Lopulta drukpa-suuntaus muuttui vallitsevaksi 1500-luvulla.[2]

 

Jakarin dzong.

 

Shabdrung Ngawang Namgyal, Bhutanin yhdistäjä. Maalaus 1800-luvulta.

1600-luvun alkuun saakka Bhutan koostui pienistä toisiaan vastaan sotineista läänityksistä, kunnes maan yhdisti tiibetiläinen lama ja sotilasjohtaja Shabdrung Ngawang Namgyal. Puolustaakseen maata tiibetiläisten ajoittaisilta hyökkäyksiltä Namgyal rakensi linnoitusketjun (dzong) ja otti käyttöön lakijärjestelmän, jolla paikalliset sotaherrat saatiin keskusvallan alle. Bhutanissa on yhä useita dzongeja. Namgyalin kuoleman jälkeen vuonna 1652 Bhutan vaipui anarkiaan.[3] Tiibetiläiset hyökkäsivät Bhutaniin vuonna 1710, ja uudestaan mongolien avustuksella 1730.[4] Molemmat hyökkäykset saatiin torjutuksi ja aselepo solmittiin 1759.

1700-luvulla bhutanilaiset miehittivät Cooch Beharin kuningaskunnan Bhutanin eteläpuolella. Cooch Behar pyysi 1772 Brittiläiseltä Itä-Intian kauppakomppanialta apua bhutanilaisten karkottamiseksi ja myöhemmin 1774 myös hyökkäyksessä Bhutaniin. Solmittiin rauhansopimus, jossa Bhutan suostui vetäytymään vuotta 1730 edeltäneiden rajojensa taakse. Rajakahakat brittien kanssa jatkuivat kuitenkin vielä sata vuotta ja johtivat lopulta Duar-sotaan (1864–1865), jossa taisteltiin Bengalin Duareiden hallinnasta. Bhutanin hävittyä sodan Brittiläisen Intian ja Bhutanin välillä solmittiin Sinchulan rauha, johon maiden väliset vihamielisyydet päättyivät.[5]

1870-luvulla puhkesi Paron ja Trongsan kilpailevien laaksojen välille valtataisteluja, joiden seurauksena Bhutanissa syttyi sisällissota ja valtaan nousi Trongsan ponlop (kuvernööri) Ugyen Wangchuck. Valtakeskuksestaan Keski-Bhutanissa Wangchuck voitti poliittiset vihollisensa ja yhdisti maan vuosina 1882–1885 useiden kapinoiden ja sisällissotien jälkeen.[3]

Vuonna 1907 buddhalaisista munkeista, hallituksen virkamiehistä ja merkittävien sukujen johtajista koostunut kokous valitsi Bhutanin kannalta käänteentekevästi Ugyen Wangchuckin yksimielisesti maan kuninkaaksi, ja vallasta tuli periytyvää. Britannian hallitus tunnusti heti uuden monarkian, ja vuonna 1910 Bhutan tuli Britannian suojelukseen vastineeksi poliittisesta autonomiasta. Intian itsenäistyttyä Britanniasta elokuussa 1947 Bhutanille tarjottiin mahdollisuus pysyä itsenäisenä tai liittyä Intian liittovaltioon. Bhutan valitsi itsenäisyyden, jonka Intia tunnusti 8. elokuuta 1949.[3]

Kiinan kansanarmeijan hyökättyä Tiibetiin vuonna 1951 Bhutan sulki pohjoisen rajansa ja vahvisti siteitään Intiaan. Vähentääkseen Kiinan uhkaa Bhutan aloitti suureksi osaksi Intian rahoittaman nykyaikaistamisohjelman. Edistääkseen demokraattisempaa hallintoa kuningas Jigme Dorji Wangchuck perusti 1953 maahan 130-jäsenisen lakiasäätävän kansankokouksen. Kuninkaallisen neuvoston hän perusti vuonna 1965 ja hallituksen 1968. Vuonna 1971 Bhutanista tuli Yhdistyneiden kansakuntien jäsen. 16-vuotias Jigme Singye Wangchuck nousi isänsä kuoleman jälkeen heinäkuussa 1972 maan hallitsijaksi.[3]

Hallitus pyrki 1980-luvulla erilaisin määräyksin säilyttämään Bhutanin kulttuurisen omaleimaisuuden ”yksi valtio, yksi kansa” -politiikalla, jota kutsutaan nimellä driglam namzha (kansalliset tavat ja etiketti). Kaikkien bhutanilaisten, myös nepalilaisten maahanmuuttajien, täytyy esimerkiksi pitää bhutanilaisten kansallispukua. Koulutusta nepalin kielellä on myös rajoitettu kansallisen yhtenäisyyden nimissä. Politiikkaa ovat kritisoineet paitsi ihmisoikeusjärjestöt, myös Bhutanin nepalilainen yhteisö, joka tuntee sen olevan suunnattu heitä vastaan. Omasta näkökulmastaan bhutanilaiset suojelevat himalajanbuddhalaista kulttuuria ja elämäntapaa, joka on käytännössä tuhoutunut viereisessä Sikkimissä nepalilaisten liian suuren maahanmuuton vuoksi. Nepalilaisten mielestä bhutanilaiset yrittävät tarrautua valtaan ihmisoikeuksien ja demokratian kustannuksella.[6][7]

Jännitteet nepalilaisten ja bhutanilaisten välillä kasvoivat 1980-luvun lopulla vuoden 1985 kansalaisuuslain myötä. Lain mukaan vain vuodesta 1958 Bhutanissa asuneet nepalilaiset maahanmuuttajat saisivat Bhutanin kansalaisuuden. Vuonna 1991 nepalilaisten mielenosoitusten jälkeisissä väkivaltaisuuksissa kuoli 300 ihmistä ja 2 000 pidätettiin. Nepalin hallituksen protestien jälkeen suurin osa pidätetyistä vapautettiin, mutta kysymys ulkonepalilaisten asemasta on yhä ratkaisematta – ainakin 100 000 asuu UNHCR:n pakolaisleireillä Nepalissa ja Sikkimissä.[8]

Vuonna 1998 kuningas Jigme Singye Wangchuck teki suuria poliittisia uudistuksia, joilla hän siirsi suurimman osan vallastaan pääministerille ja salli kuninkaan asettamisen syytteeseen virkavirheestä parlamentin kahden kolmasosan enemmistöllä. Vuonna 2003 Bhutanin kuninkaallinen armeija suoritti laajan operaation karkottaakseen Bhutanin eteläosan koulutusleireiltä käsin toimineet Intian-vastaiset kapinalliset.[9] Joulukuussa 2005 kuningas julisti astuvansa valtaistuimelta vuonna 2008 poikansa hyväksi. Hän luopui vallasta kuitenkin jo joulukuussa 2006, ja poika otti vallan käytännössä haltuunsa vaikka hänet kruunattiinkin vasta astrologisesti suotuisampana aikana 2008.[10][6]