Choquequirao (mahdollisesti quechuasta chuqi metalli, k'iraw crib, cot) on inka-alue Etelä-Perussa, rakenteeltaan samanlainen ja arkkitehtuuri Machu Picchuun. Rauniot ovat rakennuksia ja terasseja Sunch'u Patan ylä- ja alapuolella, katkaistun kukkulan huipulla. Kukkulan huippu tasoitettiin muinaisina kivillä ja luotiin 30 x 50 metrin kokoinen taso.

3 050 metrin (10 010 ft) korkeudessa sijaitseva Choquequirao sijaitsee Vilcabamba-vuoriston kannuksissa Santa Teresan alueella, La Convenciónin maakunnassa Cuscon alueella. Kompleksi on kooltaan 1 800 hehtaaria, josta 30–40 % on kaivettua. Kohteesta on näkymät Apurimac-joen kanjonille, jonka korkeus on 1 450 metriä (4 760 jalkaa).

Paikka saavutetaan kahden päivän vaelluksella Cuscon ulkopuolelta. Choquequirao on yltänyt arvostetun Lonely Planetin Best in Travel 2017 Top Regions -luettelon kärkeen.