Filai oli yksi paikoista, jota pidettiin Osiriksen hautapaikkana. Paikkaa kunnioittivat sekä pohjoispuolen egyptiläiset että eteläpuolen nubialaiset.[1] Filain ensimmäinen rakennus oli pieni Isikselle omistettu pyhäkkö, jonka faarao Nektanebo I rakennutti noin vuonna 370 eaa. Pientä temppeliä laajennettiin suureksi Isiksen temppeliksi, jota rakennuttivat erityisesti Ptolemaios II (285–246 eaa.) ja Rooman vallan aikana keisari Diocletianus (284–305).[2][3]

Filai oli viimeisiä alueita, joissa harjoitettiin vielä kristinuskon saapumisenkin jälkeen muinaisen Egyptin uskontoa. Filaissa muinaisusko säilyi vielä kaksi vuosisataa, sen jälkeen kun Rooman valtakunta oli kääntynyt kristinuskoon, ja Filai toimi pyhiinvaelluspaikkana monille kreikkalaisille ja roomalaisille, jotka saapuivat saarelle rukoilemaan parantumista Isikseltä. Vasta Justinianus I määräsi vuonna 535 temppelit suljettaviksi. Joitakin rakennuksia muutettiin kristillisiksi temppeleiksi, ja saarella asui koptilainen yhteisö ennen islamin saapumista alueelle.[3]

Filaista tuli kuuluisa matkailukohde jo 1700- ja 1800-luvuilla, kun varakkaat eurooppalaiset vierailivat saarella. Kun Assuanin ensimmäinen pato rakennettiin 1900-luvulla, turistit hylkäsivät saaren, sillä se oli osan vuotta veden alla.[3] Kun Abu Simbelin temppelit siirrettiin vuonna 1960 onnistuneesti tulvaveden takia eri paikkaan, Unesco alkoi suunnitella myös Filain siirtämistä. Saaren ympärille rakennettiin suuri arkkupato ja saari kuivatettiin vedestä. Sen jälkeen Filain rakennukset puhdistettiin ja ne mitattiin fotogrammetrian avulla. Rakennukset purettiin noin 40 000 osaan ja osat siirrettiin 500 metrin päässä sijaitsevalle korkeammalle Agilkian saarelle.[4] Projekti kesti kokonaisuudessaan vuodesta 1972 vuoteen 1980. Rakennukset pystytettiin uudelleen Agilkialle samaan muodostelmaan, jossa ne olivat olleet myös Filaissa. Filaihin jätettiin vain kaksi koptilaista kirkkoa, koptilainen luostari, Augustuksen temppelin rauniot ja roomalainen kaupunginportti.[3]

Filain temppelit liitettiin Unescon maailmanperintöluetteloon vuonna 1979 yhdessä Abu Simbelin temppeleiden kanssa.[5]