Naran alueella on säilynyt lukuisia muinaisjäännöksiä Yayoi- ja kofun-kausilta. Kaupungista on löydetty esimerkiksi monia erikokoisia kofun-hautakumpuja. Muinaisina aikoina kaupungin alueella vaikuttivat Kasuga- ja Haji-klaanit.[1]

Naran kaupungin historia alkaa vuodesta 710, kun keisarinna Genmei siirsi sinne maan pääkaupungin läheisestä Fujiwara-kyōsta. Uudelle pääkaupungille annettiin nimi Heijō-kyō, ja se suunniteltiin Kiinan silloisen pääkaupungin Chang’anin mukaan. Ruutukaavaan rakennettu kaupunki käsitti noin 4,3 x 4,8 kilometrin laajuisen alueen, ja keisarillinen palatsi sijoitettiin sen pohjoisreunalle. Heijō-kyōhon kehittyi kukoistava buddhalainen kulttuuri, joka huipentui kaupungin suuren buddhapatsaan valmistumiseen vuonna 752. Heijō-kyō toimi pääkaupunkina 74 vuoden ajan vuoteen 784 saakka, kunnes pääkaupunki siirrettiin jälleen, tällä kertaa Nagaoka-kyōhon.[2][1]

Pääkaupungin siirron jälkeen Heijō-kyō taantui, ja suurin osa sen alueesta otettiin viljelyskäyttöön, mutta kaupungin reunamille rakennetut pyhäköt ja temppelit, etenkin Tōdai-ji, Kōfuku-ji ja Kasuga-taisha, jatkoivat toimintaansa. Nara kehittyikin niiden portineduskaupungiksi. Kōfuku-ji ja Kasuga-taisha olivat vaikutusvaltaisen Fujiwara-klaanin suojeluksessa, ja Kōfuku-ji piti läänityksinä hallussaan suurta osaa Yamaton provinssista. 1400-luvulla Nara oli maan toiseksi suurin kaupunki Kioton jälkeen noin 25 000 asukkaallaan.[2][1]

Edo-kaudella 1600–1800-luvuilla Nara kehittyi paikallisena hallintokeskuksena suoraan Tokugawa-sotilashallinnon alaisuudessa. Osa nykyisen kaupungin alueesta kuului myös Yagyūn daimiokuntaan. Aiempien elinkeinojen, kuten musteen, saken ja viuhkojen tuotannon lisäksi kaupunkiin kehittyi aluksi elinvoimaista tekstiilien tuotantoa, mutta näitä käsityöteollisuuden aloja tärkeämmäksi nousi jo varhain turismi. Meiji-restauraation jälkeen buddhalaisvastainen liikehdintä (haibutsu kishaku) aiheutti tuhoa kaupungin temppeleille, mutta vuonna 1871 Narasta tehtiin uuden Naran prefektuurin pääkaupunki. Se yhdistettiin lyhyeksi aikaa Sakain prefektuuriin, mutta lopullisesti Nara sai pääkaupunkiasemansa takaisin vuonna 1887.[2][1]

Japanin nykyisen kunnallishallinnon perustamisen yhteydessä vuonna 1889 Narasta tehtiin maaseutukaupunki. Kaupunkioikeudet sille myönnettiin kuitenkin jo 1898. Silloin Narassa oli noin 30 000 asukasta ja kaupungin pinta-ala oli 23,4 neliökilometriä. 1800-luvun lopulla ja 1900-luvun alussa kaupunkiin valmistuneet rautatieyhteydet vauhdittivat sen kehitystä, ja parantuneiden yhteyksien myötä myös kaupungissa vierailevien turistien määrä kasvoi. Kaupunki säästyi toisen maailmansodan pommituksilta. Sodan jälkeen sen pinta-ala moninkertaistui 1950-luvun puolivälin suurissa kuntaliitoksissa. Sen alueelle rakennettiin myös suurimittakaavaisia lähiöitä, joiden myötä sen asukasluku kasvoi voimakkaasti. Vuonna 2005 Naraan liitettiin Tsugen ja Tsukigasen kyläkunnat.[2][1]

 

Naramachi 1700-luvun alkupuolella

 

Naran turistikartta vuodelta 1941

 

Turisti ja kauris vuonna 1970