La première mention en est faite en l'an 938 (Martín Duque, Documents de Leire, no 7). L'origine d'Agüero, comme celle de la plupart des localités de zone escarpée pré-pyrénéenne, remonte à l'époque de la Reconquista. Il ne reste que des vestiges du château, qui existait déjà à la fin du Xe siècle, et dont on connaît par des documents les noms des dix "tenanciers" qui le gardèrent tout au long des XIe et XIIe siècles, jusqu'à ce que son intérêt stratégique diminue. Au début du XIIe siècle, la reine Berthe d'Aragon, veuve, règne depuis Agüero sur le « royaume des Mallos », qui comprenait Murillo, Marcuello, Riglos et même Ayerbe.