En 1538, le conquistador espagnol Gonzalo Jiménez de Quesada fonda, au pied des cerros de Monserrate et de Guadalupe, dans la zone naturelle de la savane de Bogota, Nuestra Señora de la Esperaranza, la ville qui devint plus tard Bogota.

Entre 1650 et 1657, un sanctuaire dédié à Nuestra Señora de la Cruz de Monserrate fut construit à l'instigation de Pedro Solís de Valenzuela, connu pour ses écrits : El desierto prodigiosi y prodigio del desierto (1650). Dès 1650, un chemin fut tracé, allant de l'église de Las Nieves jusqu'au sommet de la colline de Monserrate, comportant sur son parcours des petites chapelles pour les pèlerins[1].

Lors de la guerre civile entre centralistes et fédéralistes, les troupes fédéralistes d'Antonio Baraya, en conflit avec les troupes centralistes d'Antonio Nariño, se dirigèrent en janvier 1813 sur Bogota afin de prendre position autour de la ville et de points stratégiques tels que le cerro de Monserrate.

En 1917, lors d'un tremblement de terre, la chapelle construite au XVIIe siècle fut détruite. Elle fut remplacée, en 1925, par la basilique du Señor de Monserrate, conçue par l'architecte Arturo Jaramillo Concha. À l'intérieur, une sculpture du Señor de Monserrate datant de 1656, œuvre de Pedro de Lugo de Albarracín, et qui avait survécu au séisme, fut conservée[2].

Cette basilique, lieu de pèlerinage, est rattachée à l'archidiocèse de Bogota.