La forteresse turque commence à être construite par les princes de Meskhie, de la dynastie des Jakéli, convertis à l'islam au tournant des XVIe et XVIIe siècle. La ville d'Akhaltsikhé, alors appelée Lomsia, prise par les troupes ottomanes en 1578, devient un demi-siècle plus tard le centre du pachalik ou eyalet de Tchildir. L'historien militaire russe, Vassili Alexandrovitch Potto, dans le IVe volume de son ouvrage La Guerre du Caucase, consacré à la guerre russo-turque de 1828-1829, décrit ainsi la forteresse d'Akhaltsikhé :

« En fait, la forteresse d'Akhaltsikhé se compose de deux ensembles : d'un côté un rocher nu, escarpé, entouré d'un mur de pierre constituant citadelle, de l'autre, en léger contrebas, la forteresse dite supérieure, construite à flanc de falaise et entourée d'un mur double flanqué de tours. Quarante canons défendent ces murs, si serrés que des siècles durant l'artillerie de campagne est impuissante à réduire l'édifice. La forteresse abrite tous les bâtiments du gouvernement, la résidence du Pacha, la mosquée principale d'Akhaltsikhé dans laquelle se trouve l'une des plus riches bibliothèques de l'Orient musulman. Il faut également noter que les mahométans seuls ont droit de résider dans l'enceinte, ce qui préserve la forteresse de toute trahison de la part de populations étrangères[1]. »

Au cours de la guerre à laquelle se livrent les deux Empires, russe et ottoman, en 1828, les murs d'Akhaltsikhé sont l'objet d'une importante bataille, qui oppose les troupes russes du général Ivan Paskevitch (9 000 hommes) à l'armée turque sous le commandement général de Kios-Mahomet-Pacha (30 000 hommes). Les soldats turcs, défaits, battent en retraite. La forteresse est alors occupée par l'armée russe.

En février 1829, les soldats turcs reviennent à la charge et tentent de reconquérir la forteresse. La défense d'Akhaltsikhé par le général Nikolaï Mouraviev-Karsski dure du 20 février au 4 mars 1829. Après avoir repoussé un premier assaut, la garnison résiste une douzaine de jours, délai suffisant pour permettre aux renforts de rallier les assiégés et entraîner la défaite des troupes turques.