Le château est construit en deux étapes : la première entre 1180 et 1190 par le duc Berthold V de Zähringen et la seconde après 1218 par la famille de Kybourg. De la première période date encore le donjon et la salle des chevaliers, située à 14 mètres du sol ; la seconde voit l'adjonction d'un étage supplémentaire, la coiffe du donjon qui s'élève à plus de 40 mètres du sol, ainsi que les quatre tourelles d'angle[1].

Le château passe ensuite entre les mains de la famille de Kybourg-Berthoud en 1273. En 1322, Eberhard II y fait assassiner son frère, épisode connu sous le nom de « fratricide du château de Thoune » ; il vend ensuite ses droits féodaux à la ville de Berne en 1323, qui acquiert définitivement la ville de Thoune après la guerre de Berthoud en 1384[2]. En 1429, une aile supplémentaire est ajoutée à l'ouest de l'ensemble, connue sous le nom de « neue Schloss » (nouveau château)[3].

En 2006, le château est racheté par la ville de Thoune qui y installe le siège du tribunal régional de l'Oberland bernois jusqu'en 2009. Le château est inscrit comme bien culturel suisse d'importance nationale[4]. Il abrite un musée historique local et accueille régulièrement des concerts et des manifestations publiques[5].