Bien que sans grande importance à l'époque, elle est mentionnée par Pline l'Ancien, comme Fossa Clodia. Elle fut détruite par Pépin d'Italie, au IXe siècle, mais reconstruite autour de l'activité des marais salants. Elle est connue à l'époque comme Clugia major, Clugia minor désignant le banc de sable six cents mètres plus loin dans l'Adriatique, abandonné depuis 1370, mais où sera par la suite construit Sottomarina.

Au XIVe siècle, elle fut le théâtre de la lutte entre Venise et Gênes, au cours de la guerre portant son nom. Par la suite, bien qu'autonome, elle fut toujours subordonnée à Venise.

Chioggia fait partie de la république de Venise jusqu'en 1797, quand elle est conquise par les troupes de Napoléon Bonaparte.

Après le traité de Campo-Formio, en 1798, la ville est cédée à l'empire d'Autriche.

Conformément aux dispositions du congrès de Vienne (1815), la ville fait partie de la monarchie autrichienne (royaume lombardo-vénitien), gouvernement de Vénétie, jusqu'en 1866, quand elle est intégrée à l'État italien naissant après la troisième guerre d'indépendance.

Malgré les revers militaires subis par les forces italiennes, à l'exception notable des troupes de Garibaldi grâce à une alliance avec la Prusse, le gouvernement autrichien est contraint de céder la Vénétie.

Au cours de la Seconde Guerre mondiale la ville est menacée par les bombardements de l'aviation alliée. C'est seulement grâce à une révolte des citoyens que les nazi-fascistes sont arrêtés le 27 avril 1945 et la ville libérée par les forces alliées.