El Calafate est née dans les premières décennies du XXe siècle. Ce ne fut d'abord qu'un point d'approvisionnement des transports de laine, qui se faisaient en charrette depuis les estancias de la région. Elle fut officiellement fondée en 1927 par le gouvernement argentin, afin de consolider le peuplement de la région.

En 1943 commencèrent les travaux de construction de l'intendance du parc national Los Glaciares (terminés en 1946). La localité ne comptait alors qu'une centaine d'habitants permanents.

L'ex-président argentin Néstor Kirchner, originaire de la province, est mort à El Calafate, le 27 octobre 2010 où il possédait une estancia.