Ciarán et Enda d'Aran font une nuit le même rêve d'un « Grand Arbre »[1]. Enda l'interprète en conseillant à Ciarán de se rendre dans le centre de l'Irlande, au bord d'un ruisseau et d'y fonder une église. Accompagné de huit compagnons, il arrive sur le site de Clonmacnoise et commence la construction d'une petite église en bois qui deviendra sa sépulture[1].

L'histoire veut que ce fut à cette occasion que Ciarán rencontra Diarmait mac Cerbaill, qui vivait dans la peur de Túathal Máelgarb. Ciarán bénit Diarmait et lui prédit son accession au trône[2]. Devenu Ard rí, Diarmait offrit à Ciarán des terres pour y bâtir le monastère.

Le monastère grandit en taille et en réputation pour devenir pour un temps le site religieux le plus prestigieux d’Irlande. Son cimetière est supposé contenir les tombes de sept rois de Tara et la sépulture du dernier Ard rí Érenn Ruaidri Ua Conchobair. C’était également un centre de savoir, le « Lebor na hUidre», manuscrit du XIIe siècle conservé à l'académie royale d'Irlande à Dublin, provient de son scriptorium. La richesse du monastère attira la convoitise des rois irlandais, des Anglo-normands et des Vikings qui le pillèrent et l’incendièrent à de nombreuses reprises entre 841 et 1204[3].

Le déclin de la fréquentation de la route bordant Clonmacnoise au profit de celle passant par Athlone vers le XIIe siècle marque le début du déclin du site. En 1552, la garnison anglaise d’Athlone met le monastère à sac[4].