Le monachisme syrien, plus âpre et plus rigide que l'égyptien, a trouvé sa principale expression dans un type particulier d'anachorètes, les stylites. Au début du christianisme, après l'époque des martyrs, les stylites sont des solitaires qui passent leur temps en haut d'une colonne pour mieux se livrer à la méditation et vivre dans une continuelle pénitence. Le sommet de la colonne est si étroit qu'ils ne peuvent s'y coucher. Le plus célèbre d'entre eux est Siméon le Stylite qui vécut au Ve siècle[1].

Le saint quitte le monastère d'Héliodore à Téléda vers 410, reste quelques années logé dans un réduit d'une petite communauté monstique de Télanissos future Deir Sem'an puis s'établit sur une colline voisine. Il se livre à une pratique de l'ascétisme syrien, restant debout enchainé au milieu d'un enclos circulaire et observant le jeûne total pendant le Carême. Puis, pour échapper à la foule des pèlerins, il s'installe sur une colonne qui progressivement atteindra seize mètre de hauteur, sur une plateforme, seulement protégé par sa cape de berger. Il y reste 37 ans et meurt en 459 âgé d'environ 70 ans. Sa renommée s'étend jusqu'à la Péninsule Ibérique, la Gaule et l'Arabie[1],[2].

La foule des pèlerins qui commencent à affluer peu après la mort du saint bouleverse l'urbanisme du village de Deir Sem'an qui n'est qu'une simple bourgade agricole et qui se déplace vers le pied de la colline sacrée. Un programme d'établissements religieux, de maisons particulières dont une plus importante pour l'administration, des hôtelleries pour les pèlerins n'étant pas admis dans les unes ni dans les autres et des boutiques s'élèvent. On peut dater certains éléments de 465 à 479[3],[4].

La date du début des travaux du sanctuaire est controversée. Les plus anciennes sont attribuées à l'empereur Zénon dans les années 470, voire sous son prédécesseur, le martyrium cruciforme et le baptistère pouvant être terminés vers 475.

Les étapes de construction du monastère commencent par une clôture circulaire de pierre autour de la colonne du saint, puis en 476, l'empereur byzantin Zénon construit le martyrium dont la colonne forme le centre sur la colline arasée. L'octogone, la basilique et le baptistère sont de la même campagne de construction de 476 à 490. Après une pause, entre le Ve siècle et le VIe siècle, des bâtiments d'accompagnement sont réalisés autour de la basilique et du baptistère. Le couvent est du premier quart du VIe siècle[1].

En 634, la Syrie est conquise par les armées arabes ce qui provoque une rupture dans l'activité du monastère. Le sanctuaire reste un lieu de pèlerinage uniquement pour les chrétiens de la région mais est interdit à ceux d'Asie Mineure et du Bassin méditerranéen. Le flux des pèlerins diminuant, les moines quittent le site et s'installent dans des bâtiments monastiques du village voisin de Deir Sem'an.

Au cours du Xe siècle, les armées byzantines récupèrent les territoires du Nord de la Syrie et la colline du sanctuaire étant sur une position stratégique est transformée en forteresse[5],[3].

Le 12 mai 2016, pendant la guerre civile syrienne, elle est sérieusement endommagée[6].