Le mont Paektu est un stratovolcan. Sa dernière grande éruption se serait produite en 946. Avec un indice d'explosivité volcanique (VEI) de 7, c'est la quatrième plus grosse éruption des 2 000 dernières années après celles du Samalas, du Tambora et du Taupo. Cette explosion a donné à la caldeira sa forme actuelle. Deux témoignages indirects parlent en faveur de la date de 946. Un texte japonais note que « des cendres volcaniques retombaient comme de la neige » à Nara tandis que le Koryo-sa rapporte que des grands coups de tonnerre étaient entendus à Kaesong à 450 km du volcan[1],[2].

Les scientifiques ont tenté de dater cette éruption à de nombreuses reprises durant les trente dernières années et l'ont placé au milieu du Xe siècle. Une récente datation par le carbone 14 propose 946 ±3 et serait en accord avec les données historiques[2]. Cette éruption violente n'a cependant pas laissé de traces dans les glaces de l'arctique du GISP 2, probablement à cause d'une teneur relativement basse en soufre et des particularités de la circulation atmosphérique ce qui suggère que l'éruption s'est produite en hiver[2]. L'essentiel des cendres a été envoyé vers l'est, c'est-à-dire vers le Hamgyong du Nord, le sud du Primorié, la mer du Japon et les îles japonaises de Honshū autour du détroit de Tsugaru[3]. Elle a produit 96 km3 d'éjectas avec 4 Tg de SO2, 45 Tg de HCl, 42 Tg de HF et 1 796 Tg d'eau[2]. Ses éjectas se sont déposés dans une zone de 50 km autour du cratère[4].

Dans les siècles qui ont suivi, d'autres éruptions de plus faible envergure ont été notées dans les annales coréennes. Il s'agit de celles de 1413 (?), 1420 (?), du 6 octobre 1597 (?), de juin 1668 et du 9 juin 1702. Les dernières éruptions se sont produites en 1898 (VEI = 2) et au printemps 1903. Auparavant, vers -2160 et 180 av. J.-C, des éruptions avaient atteint un VEI de 4[5].

Le volcan est surveillé attentivement depuis 1999 par une équipe chinoise qui a montré qu'un regain d'activité s'est produit entre 2002 et 2006. En particulier, les années 2002-2003 ont été marquées par une succession de microséismes et par une élévation du sol de 46 mm laissant présager qu'une nouvelle éruption se prépare[4]. En 2016 une collaboration de la Corée du Nord avec une équipe de scientifiques occidentaux a été entamée pour évaluer le risque que le volcan entre en éruption[6].

Mont sacré pour les Mandchous et les Coréens pour qui il est considéré comme le berceau de leur peuple, lieu de naissance légendaire de Tangun, figure de la mythologie coréenne, le mont Paektu, au sommet volcanique, et sa région ont donné lieu à de nombreux combats de la résistance coréenne et chinoise, membre de l'armée volontaire anti-japonaise populaire du Nord-Est, contre l'envahisseur japonais entre 1935 et 1943 selon les historiens nord-coréens, en 1932 selon les sources chinoises. Selon la biographie officielle du dirigeant Kim Jong-il, il y serait né le 16 février 1942.

Cette importance historique est à la source de litiges frontaliers. Actuellement, le tracé de la frontière est réglé par un accord de 1963 entre la Chine et la Corée du Nord qui place les trois cinquièmes du lac Chongji en Corée[7].