La mosquée Hassan-Pacha a été construite peu après la conquête ottomane de la ville de La Canée (Hanya en turc) en 1645[1],[2] en l'honneur du premier commandant de garnison turque Küçük Hassan Pacha[3] sur le site d'une petite église byzantine.

À partir de 1880, des portiques avec sept petits dômes ont été ajoutés sur les côtés nord et ouest à la place des arcades sans toit à l'origine[3]. La mosquée a servi de lieu de prière jusqu'en 1923, lorsque les habitants turcs de l'île ont émigré à la suite de l'échange de population entre la Grèce et la Turquie. Après cela, elle a été successivement utilisée comme zone de stockage, musée d'art populaire, bureau d'information touristique et comme musée archéologique de La Canée[4]. Le monument fut gravement endommagé par des bombardements au cours de la Seconde Guerre mondiale[5].