Plusieurs civilisations antiques ont occupé le plateau de Moab. La région fait partie du royaume nabatéen, prospère entre le IIIe siècle av. J.-C. et le Ier siècle apr. J.-C., et des vestiges de constructions nabatéennes ont été identifiés à proximité de Qasr Bshir. Des sondages suggèrent même que son emplacement a d'abord été occupé par une tour nabatéenne[1], quoique les céramiques collectées lors de relevés superficiels par Samuel Thomas Parker n'indiquent pas de présence avant la fin du IIIe siècle apr. J.-C.[2].

L'Empire romain annexe le royaume nabatéen en 105/106 et en fait la province d'Arabie avec Bostra comme capitale[3]. Des routes stratégiques sont aménagées, la Via Nova Traiana de Damas à Pétra en passant par Madaba et Philadelphie, et une autre, reliant Bostra à Damas et Philadelphie[4],[5].

La province d'Arabie est redécoupée au début du IIIe siècle sous Dioclétien, et sa défense est organisée en profondeur à l'ouest de la ligne Bostra-Philadelphie, articulée autour de la vallée de l'Arnon (connu sous le nom arabe de Wadi al-Mujib) et de ses affluents. Sur le plateau, le grand camp prétorien de Betthorus (actuellement Lejjun), base de la Legio IIII Martia, est renforcé par un réseau étendu de tours de guets et de fortins périphériques, dont Castra Mobeni (l'actuel Qasr Bshir) à 15 km au nord-ouest de Lejjun[6],[7].

Le puissant séisme de 363 frappe la région et ravage Pétra. Il détruit des bâtiments de la forteresse de Lejjun ; son effet sur Qasr Bshir est probable, mais indéterminé[8].

La Notitia Dignitatum, document militaire de l'administration impériale rédigé entre 400 et 429, ne mentionne pas explicitement castra Mobeni[1]. Néanmoins, elle cite l'implantation de la Cohors III Felix Arabum dans la région de l'Arnon, répartie sur plusieurs camps (« in ripa Uade Afaris fluuii in castris Arnonensibus », littéralement « Sur la rive du Wadi Afar, dans les camps arnoniens »)[9]. Parmi ceux-ci, les historiens identifient Qasr Bshir[10],[7]. Ces forts sont abandonnés avant la fin du Ve siècle, au profit d'une défense de la frontière romaine confiée à des tribus arabes fédérées de l'Empire romain[11].

Qasr Bshir est temporairement réoccupé par les Arabes durant la période omeyyade au VIIe siècle. Il est probable qu'ils ont effectué des aménagements ou des restaurations. En effet, les deux encorbellements visibles au-dessus de l'entrée du fort sont les vestiges d'une bretèche, dispositif défensif arabe qui n'apparaît qu'au VIe siècle/VIIIe siècle[1].

Les archéologues situent l'effondrement des baraquements entourant la cour centrale à la fin de la période omeyyade, vraisemblablement à la suite du séisme de 747[12]. En 750, la nouvelle dynastie des Abbassides remplace les Omeyyades et transfère sa capitale de Damas à Bagdad. L'ancienne province d'Arabie perd peu à peu de son importance et sa population, et à l'exception de quelques centres urbains, passe aux mains des tribus bédouines[13]. Lors d'un conflit entre tribus ou à la suite d'une action turque durant la guerre de 1914-1918, la citerne au centre de la cour est volontairement rendue inutilisable en y jetant des carcasses d'animaux et en l'obstruant avec les pierres des ruines[14].