Les premiers à visiter l'archipel furent probablement des marchands arabes[1], mais les premiers comptes rendus écrits furent réalisés en 1501 par l'explorateur portugais Vasco de Gama[1]. Ce dernier donna à l'archipel le nom d'Amirantes (qui désigne au XXIe siècle la partie comprenant les îles granitiques des Seychelles). La même année, pour la première fois, les Seychelles étaient dessinées sur une carte tracée par l'italien Alberto Cantino. La première description des rivages seychellois, avant tout établissement humain, fut écrite sur place du 19 au 30 janvier 1609[1] par le marin John Jourdan du bateau britannique Ascension. Ce dernier, après avoir franchi le cap de Bonne-Espérance, avait remonté la côte orientale de l'Afrique avant de mettre le cap au NNE, ce qui l'amena à la pointe nord de l'archipel granitique : il y décrit sommairement les îles actuelles de Mahé, North, Silhouette, Praslin et ses îles voisines et relève un total de plus de trente îles grandes et petites et proches les unes des autres. Enfin, le 3e jour, le bateau mouilla l'ancre à l'abri de l'île Sainte Anne (face au futur port de Victoria), sur laquelle l'équipage trouve sur les hauteurs verdoyantes de l'eau en abondance (l'île est au XXIe siècle déboisée et aride).

Entre l'Afrique et l'Asie, les îles furent utilisées par des pirates avant l'arrivée des Français. En novembre 1743, le gouverneur de l'Isle de France (l'île Maurice actuelle) Bertrand-François Mahé de La Bourdonnais envoie les capitaines Lazare Picault et Jean Grossen prendre possession de l'archipel au nom de la France. Ils nommèrent l'île principale de l'archipel « Mahé » en l'honneur du gouverneur de l'Isle de France.

Le 1er novembre 1756, Corneille Nicolas Morphey, commandant de l'expédition des découvertes et capitaine de la frégate le Cerf, a pris possession des îles au nom du roi de France[2], sur l'ordre de René Magon de La Villebague, gouverneur et commandant général des îles de France et de Bourbon. Les principales îles de l'archipel qu'ils baptisèrent « Séchelles » en honneur à Jean Moreau de Séchelles, alors contrôleur général des finances de Louis XV[1]. Les commandants et agents civils des îles sous l'autorité des intendants des îles de France et de Bourbon ont été Jean François Brayer du Barré en 1770, Jean-Charles de Launay de La Perrière commandant de 1772 à 1775, Joseph François Eugène Benjamin Anselme de 1775 à 1777, Jean-Baptiste Le Roux de Kermeseven de 1777 à 1781, Charles Routier de Romainville (1739-1808) de 1781 à 1783, Louis François Claude Berthelot de la Coste (1750-1822) de 1783 à 1786, puis, Gillot, de Caradec, Louis Jean Baptiste Philogène de Malavois (vers 1757-1825) de 1792 à 1793, Charles Joseph Esnouf commandant en 1793, Jean-Baptiste Quéau de Quinssy gouverneur de 1793 à 1811[3],[4]. Les vingt premiers français venant de l'île Bourbon s'installent à l’île Mahé et à l’île Sainte-Anne en 1770, envoyés par Brayer du Barré[5]. Cette première implantation n'est pas un succès et doit se justifier en 1772[6].

En 1781, le Français Mathurin Barbaron, corsaire du Roi, né le 20 juillet 1737 à Lorient, fils de Jean Barbaron chirurgien de marine (né à Fajolles, en Gascogne) et Louise Lorans (2e épouse), aborde l'île de Mahé par l'anse qui porte désormais son nom. Les jardins du grand domaine Barbaron en sont aussi une référence.

Le 16 mai 1794, le commandant de vaisseau britannique Henry Newcome, commandant d'une escadre jette l'ancre dans la rade de Mahé pour ravitailler les vaisseaux l’Orpheus qu'il monte, le Centurion du capitaine Osborne, et le Resistance du capitaine Packenham. Le commandant Quéau de Qinssy refuse de ravitailler les bâtiments britanniques qui sont en guerre contre la République française. Le capitaine Newcome envoie une sommation de se rendre. Le commandant Quéau de Qinssy n'ayant pas de moyens à lui opposer doit céder les îles Seychelles en signant une capitulation honorable qu'il a rédigée avec les principaux habitants des îles[3]. C'est la première capitulation des îles, mais il y en eu d'autres, peut-être 16, en fonction du passage des vaisseaux anglais et français, jusqu'au débarquement du Nisus de Bartholomew Sullivan, officier des troupes royales de marine de Sa Majesté britannique, agent civil et commandant des îles Seychelles pour le gouvernement britannique[7].

Les îles, perdues par la France en 1811, pendant les guerres napoléoniennes, passèrent officiellement sous le contrôle du Royaume-Uni en 1814[1].

À partir de 1916, lors de la Première Guerre mondiale, l'armée des Seychelles s'engage aux côtés des Britanniques par l'envoi d'un corps expéditionnaire de 796 hommes, dont 358 ne reverront jamais leur pays (cimetière militaire du Mont-Fleuri à Victoria). Ce corps expéditionnaire représente le plus gros effort de toutes les colonies britanniques, en proportion des hommes valides engagés sous le drapeau britannique (près de 6 %).

Depuis le 29 juin 1976[8], les Seychelles forment un État indépendant, membre du Commonwealth et de la Francophonie.

En 1977, un avocat, France-Albert René, alors Premier ministre, prend le pouvoir. Devenu président (de 1977 à 2004), il instaure un parti unique, socialiste à tendance marxiste. Depuis lors, les Seychelles se définissent comme révolutionnaires et tiers-mondistes. Toujours en place en 1991, le président René a, sous les pressions (discours de La Baule, 20 juin 1990), accepté d'engager son pays sur la voie du multipartisme et d'un certain libéralisme, autorisant notamment davantage de privatisations. Il quitte la présidence en 2004, à 69 ans, cédant sa place à James Michel, qui est réélu le 30 juillet 2006.

L'élection présidentielle de mai 2011 voit la réélection du président Michel qui remporte 55,4 % des suffrages exprimés, contre 41,4 % à Wavel Ramkalawan[9]. Il se présente une troisième et dernière fois à l'élection présidentielle de 2015, remportant le scrutin avec 50,15 % des suffrages exprimés contre 49,85 % à son adversaire, Wavel Ramkalawan. Mais il est contraint d'attendre le second tour de l'élection, alors qu'il avait été élu dès le premier tour aux élections précédentes[10].

À la suite de la défaite de son parti Lepep (issu de l'ancien parti unique) aux élections législatives de septembre 2016, James Michel annonce sa démission de son poste de président de la République en septembre 2016[11]. Le 16 octobre suivant, il est remplacé par son vice-président, Danny Faure[12]. Une période de cohabitation commence entre ce nouveau président et un Parlement contrôlé par l'opposition à l'ex-parti unique (qui était au pouvoir depuis 1977)[12].