En 2009, l'Associació Esportiva Mountain Runners del Berguedà décide d'utiliser le sentier de grande randonnée Cavalls del Vent inauguré en 2003 et reliant huit refuges du Parc naturel de Cadi-Moixero de manière compétitive pour en faire un ultra-trail. Sponsorisé par l'équipementier sportif Salomon, les organisateurs s'engagent à reverser une partie des bénéfices à l'UNICEF et une autre pour le développement du parc naturel[1],[2],[3].

L'événement s'internationalise en 2012 en rejoignant le nouveau calendrier Ultra de la Skyrunner World Series[4].

En 2013, l'épreuve voit son parcours rallongé à 100 kilomètres[5].

En 2014, Salomon reprend seul l'organisation de l'événénement qui devient l'Ultra Pirineu. De nouvelles courses sont ajoutés à l'événement afin de le rendre plus attractif. Un trail d'une distance marathon ainsi qu'une course verticale nocturne sont ajoutés[1].

L'épreuve retrouve le calendrier Ultra de la Skyrunner World Series en 2015[6].

En 2019, la manifestation connaît de nombreux changements. Le parcours de l'épreuve-reine est revu avec un passage par le village de Gósol. L'épreuve Marató devient le Trail est voit son parcours rallongé à 56 kilomètres. Une nouvelle épreuve, la SkyRace de 36 kilomètres est ajoutée et figure au calendrier de la Skyrunner World Series[1].

L'édition 2020 est annulée en raison de la pandémie de Covid-19[7].

En 2021, les courses Trail et Sky disparaissent et laissent place de nouveau au Marató qui reprend l'essentiel du parcours de la SkyRace mais rallongé à 42 kilomètres. Cette dernière épreuve rejoint les calendriers de la Golden Trail National Series ainsi que des Spartan Trail World Championships[8].

En 2022, la Kényane Esther Chesang remporte le Marató en 4 h 16 min 22 s. Cependant, cette dernière se voit infliger une suspension de quatre ans pour dopage avec effet rétroactif au 15 mai 2022. Tous ses résultats à compter de cette date sont annulés[9],[10]. L'Espagnole Núria Gil hérite de la victoire[11],[12].