Village de pêcheurs liburnes, Iadera (en grec ancien ΄Ιάδαιρα ou ΄Ιάδερα puis τα Διάδωρα, ultérieurement latinisé en Iedera ou Ieader, plus récemment écrit avec un J initial) est érigée en colonie romaine après que les Liburnes aidèrent Auguste lors de la première guerre dalmate (35-33 av. J.-C.). Sous l'Empire, la ville fut prospère, en raison du commerce du vin et de l'huile. La colonie romaine tombe lors de l'invasion des Ostrogoths, puis en 538 revient sous domination romaine d'Orient et devient la capitale du thème de Dalmatie en 614.

Après la prise de Ravenne en 751 par les Lombards, Iadera devient la plus importante base navale de l'Empire byzantin dans l'Adriatique. Les Croates sont alors déjà installés dans l'arrière-pays, tandis que la côte et les îles parlent encore le dalmate, une langue romane aujourd'hui disparue. Zara devient la capitale d'un duché autonome au Xe siècle, qui, lors de la séparation des Églises d'Orient et d'Occident, choisit l'obédience de l'église de Rome, avant d'être disputé entre Venise et la Croatie, unie à la Hongrie en 1102.

Les Vénitiens détournent la quatrième croisade pour en reprendre le contrôle et la piller en 1202 ; les Hongrois la récupèrent au traité de Zara en 1358 avant qu'elle ne repasse en 1409 sous l'administration vénitienne. Celle-ci dure quatre siècles, durant lesquels le vénitien devient la langue la plus utilisée en ville ; le dalmate disparaît, le croate progresse. Des provéditeurs représentent les doges de Venise à Zara. Le peintre Sebastiano Ricci représente, en 1699-1700, le jeune doge Marco Corner (1285-1368) : ce tableau se trouve dans une collection privée[1]. À partir du XVe siècle l'invasion des Balkans par les Turcs ottomans coupe Venise des extrémités occidentales de la route de la soie, mais Zara reste la plus importante escale vénitienne sur la route de ses possessions en Orient : Albanie vénitienne (XVe siècle)[2], Épire vénitienne (du XVe à la fin du XVIIIe siècle[3]), archipel Ionien (1204-1797[4]), Eubée et Cyclades (1273-1470), Péloponnèse (1688–1715), Crète (1212-1667) et Chypre (1489-1571).

En 1797, au traité de Campo-Formio, les Autrichiens reçoivent Zara avant qu'elle soit rattachée aux Provinces illyriennes en 1808 par Napoléon Ier jusqu'en 1813, année où l'Autriche reprend la ville jusqu'à la fin de la Première Guerre mondiale. Le Traité de Rapallo donne la ville et plusieurs îles alentour au Royaume d'Italie. La nouvelle province de Zara constitue alors une exclave italienne en Yougoslavie.

Pendant la Seconde Guerre mondiale Zara, devenue une base de la marine italienne, puis de la Kriegsmarine allemande, est victime de 54 bombardements alliés. La ville perd la plupart de ses magnifiques palazzi vénitiens et des monuments austro-hongrois du XIXe siècle mais une partie des édifices anciens échappe aux bombes. La population de souche italienne (environ 20 000 personnes, soit 83 % des Zarois au début de la guerre entre les royaumes d'Italie et de Yougoslavie le 6 avril 1941) s'enfuit par peur d'être massacrée par les partisans de Tito. En 1947, la ville devient officiellement yougoslave, et est incorporée à la République socialiste de Croatie : un projet des communistes prévoyait de faire table rase de toutes les habitations héritées du passé, et de construire une ville moderne aux lignes droites, en ne conservant que quelques églises (affectées à des usages non-religieux) pour faire de Zadar un arsenal de la marine militaire yougoslave et un musée à ciel ouvert. Faute de moyens, cet projet titanesque resta dans les cartons, et même une partie des monuments historiques sera restaurée.

Zadar reste croate après l'indépendance du pays en 1991, mais pendant les guerres de Yougoslavie elle est soumise à un bref blocus maritime et terrestre des forces fédérales yougoslaves (9e régiment de Knin de Ratko Mladić) et de celles de l'éphémère république serbe de Krajina. Zadar est la cinquième ville de Croatie (environ 80 000 habitants) et une cité balnéaire qui, selon l'office du tourisme, accueille près de 150 000 touristes en 2012.