Çatalhöyük é unha cidade que data do período neolítico. Nela foi atopado o que se considera o comezo da historia de Anatolia. Tratase dun fresco mural do ano 6200 a.C., que presenta en primeiro plano, as casas da localidade, e ao fondo, un volcán en erupción; crese que o volcán é o Hasandağ. O fresco está exposto no Museo das Civilizacións de Anatolia en Ancara, e é probablemente a pintura paisaxística máis antigua do mundo.

Entre o 5000 e o 4000 a.C., Capadocia tivo varios principados independentes. A cidade máis importante durante ese período era Puruskanda. Dezasete destes principados uníronse en 2300 a.C. para loitar contra o rei asirio Naram Sin, constituíndo a primeira de moitas alianzas na historia de Anatolia.

Ao inicio do II milenio a.C., Anatolia viviu unha etapa brillante na cal atraeu numerosos habitantes. Os asirios, célebres pola súa habilidade no comercio, instaláronse na rexión atraídos por esta riqueza, e organizaron bazares chamados Kârum. O Kârum máis importante é da cidadela de Kanesh (hoxe Kültepe). Os asirios levaban estaño, textís e perfumes, e mercaban ouro, prata e cobre en Anatolia.

Este tipo de comercio durou cento cincuenta anos, até que se dispersou polas guerras entre reinos da rexión. En 1925, un equipo arqueolóxico descubriu en Kültepe as "Táboas da Capadocia", que describen esta colonia mercantil en tempos asirios, e que marcan o rexistro escrito más antigo coñecido sobre a historia da Capadocia.

Aínda se ten pouca certeza sobre a orixe da civilización Hitita, pero o certo é que esta civilización floreceu en Anatolia central no II milenio a.C., sendo Hattusas (hoxe Boğazköy) o seu centro de poder na rexión, que chamaban Tabal. Os hititas fundaron varios poblados en conxunción cos habitantes da rexión, e conformaron un imperio que se estendía ata Babilonia. O imperio durou de seis a sete séculos, e puxo fin ao dominio da dinastía semita de Hammurabi. Especial lugar na historia hitita teñen os séculos XV e XVI a.C., que marcan o período de maior desenvolvemento da civilización. A finais de milenio, as guerras co Exipto (que culminarían no tratado de paz de Kadesh, de 1286 a.C.) desgastaron ao imperio, que finalmente caeu ante os invasores de Europa oriental.

Despois da caída do imperio hitita, Capadocia atravesou o período máis escuro da súa existencia, entre os séculos X e VII a.C.

Capadocia caeu en mans persas no século VI a.C., estado que mantería ata a conquista por Alexandre Magno dous séculos despois. Os persas dividiron Anatolia en provincias, asignando un gobernador (sátrapa) a cada unha.

Os principados estaban ligados ao porto de Éfeso (preto da cidade turca de Kuşadası) pola "vía real", que comezaba en dita cidade, e pasaba polas cidades de Sardes e Mazaca (hoxe Kayseri), chegando a Mesopotamia e a Susa, capital de Persia. Os sátrapas enviaban a Persia os impostos que recadaban, en forma de ouro, carneiros, burros e os famosos cabalos de Capadocia.

No século IV a.C. o conquistador macedonio Alexandre Magno emprendeu a conquista de Asia Menor, despois do famoso episodio do nó gordiano, arrebatando Capadocia das mans persas. Deixou ao seu tenente Cabictas para controlar a rexión, a cal estivo baixo o dominio macedonio ata a morte de Alexandre no 323 a.C. Un ano despois, Capadocia recuperou a súa independencia e soberanía baixo o liderado de Ariarates I.

Capadocia comezou a súa larga historia de relacións co Roma, baixo o reinado de Ariarates IV, primeiro como inimigos (apoiando a causa de Antíoco o Grande), e despois como aliados, loitando contra Perseo de Macedonia.

A partir de entón, Capadocia aliouse sempre coa República. No 130 a.C. Ariarates V marchou xunto ao procónsul romano Craso contra Aristónico, que reclamaba o trono de Pérgamo. Ao ser liquidado xunto co seu exército, trouxo consigo loitas intestinas que marcaron o fin da dinastía.

Capadocia entón elixiu un líder local chamado Ariobarzanes I, co apoio de Roma, en 93 a.C.. Porén, Ariobarzanes non puido comezar o seu reinado ata trinta anos despois, cando Roma alisoulle o camiño facendo a un lado aos reis armenios. Na guerra civil que Roma sostivo antes da ascensión ao poder de Xulio César, Capadocia cambiou de bandos entre Pompeio e César.

Posteriormente, a dinastía Ariobarzanes terminaría, e a rexión mantería a súa independencia tributaria até o ano 17, cando o Emperador Tiberio reduciría á rexión a ser unha provincia romana. Dúas lexións romanas formaron guarnicións permanentes baixo o Emperador Vespasiano, quen buscaba protexer a súa provincia de Levante. As guarnicións aumentaron e convertéronse en fortalezas baixo Traxano, que ademais construíu vías militares na rexión. No século III, as relacións comerciais entre Capadocia e as rexións de Esmirna e Éfeso estaban tan desenvolvidas, que foron emitidas moedas cos nomes destas cidades.

A partir do século IV Capadocia comezou unha transformación máis, esta vez influenciada polos mosteiros de Palestina e Exipto, dos que os seus modelos foron seguidos na introdución da relixión cristiá, baixo o patrocinio do Imperio Bizantino.

Nos séculos VI e VII, apareceron as primeiras igrexas pintadas. Estas igrexas, ao igual que a maioría das casas da rexión, non eran construídas como edificios, senón "escavadas" na rocha. Estas covas artificiais eran despois decoradas e acondicionadas. Existen máis de seiscentas igrexas destas características na rexión.

O período iconoclasta de Bizancio (anos 725 a 843) tivo a súa repercusión nas igrexas de Capadocia, e numerosas pinturas murais sufriron danos, pois prohibiuse a representación de todas as figuras sagradas.

Os selxúcidas, considerados antepasados directos dos turcos occidentais, comezaron a chegar a Capadocia a partir do século XI, despois da Batalla de Manzikert no 1071 onde derrotaron ao exército bizantino, e comezaron a conquista paulatina do territorio. Despois da toma de Kayseri no 1082, os selxúcidas iniciaron unha grande expansión urbanística na rexión, construíndo mesquitas en Kayseri, Aksaray, Niğde e outras cidades, e unha academia de medicina no 1206. Ademais, construíron numerosos caravansarays ou caravasares (literalmente, palacio de caravanas), unha especie de refuxio para que as caravanas que transitaban a Ruta da seda, pernoctaran de forma segura no seu traxecto; algúns tiñan servizos adicionais ao de hostalería, como enfermería, cortes e mesquitas. Os caravansarays están dispersos por toda Anatolia, distanciados a uns 30 km entre si, e en tempos de guerra, servían como postos de defensa do territorio. Destaca o caravansaray de Agzikarahan, construído no século XIII.

Nos séculos que seguiron, Anatolia foi escenario de conflitos entre os selxúcidas, Bizancio e os cruzados. Estes últimos tomaron a capital selxúcida Iznik, e obrigaron aos selxúcidas a emigrar cara Konya, no centro de Anatolia. Os selxúcidas sentaron as raíces do Imperio Otomán, que viría a existir a partir do século XV pois non en balde os turcos otománs procedían dun dos sultanatos —núcleo orixinario do futuro Imperio otomán— escindidos do estado selxúcida baixo o mando do líder Osmán I Gazi— que daría o nome da dinastía otomá u osmanlíes.

Capadocia sempre foi unha zona de atractivo turístico importante, coa afluencia de visitantes da rexión e de países veciños. A rexión chamou a atención de Europa e do resto do mundo nas décadas de 1930 e 1940, coa difusión da obra do sacerdote francés Guillaume de Jerphanion, que publicou os estudos que fixera das igrexias en Capadocia. Estes feitos levaron a un dramático crecemento na demanda turística na segunda metade do século XX. Durante as décadas de 1970 e 1980, Capadocia tivo unha explosión de turistas que non podía ser satisfeita cos hoteis existentes na rexión. Os poboadores comezaron a alugar cuartos e transformar a súas propiedades para poder acoller aos visitantes, mentres novas instalacións eran construídas, respectando as paisaxes e a natureza, e sen contradicir ao folclore local. Segundo as cifras oficiais, no 2005 visitaron a rexión 850.000 turistas estranxeiros e un millón de turistas nacionais.

Esta demanda revitalizou a actividade económica na rexión, pois non só a industria do turismo e a gastronomía se benefician, senón que ademais os produtores locais de cerámica, textís e artesanías atopan un mercado amplo e receptivo.