A illa estivo habitada por aborixes australianos até hai uns 7 000 anos, cando a subida do nivel do mar separouna do resto de Australia. O 29 de decembro de 1696 desembarcou na illa o capitán neerlandés Willem de Vlamingh, que a explorou durante 6 días e lle deu o nome de 't Eylandt 't Rottenest, que literalmente significa "niño de ratas", ao confundir os quokkas con ratas xigantes. Naquel momento a illa estaba deshabitada, e a poboación aborixe carecía de botes, polo que probabelmente o territorio permanecera sen poboación durante varios miles de anos.[1]

Entre 1838 e 1931 foi utilizada como prisión para reclusos aborixes.