האגדה מספרת שהמבצר נבנה על ידי הרוואל (כינויו של השליט) ג'איסל, ראג'פוט (אנ') מחמולת בהאטי, בשנת 1156. האגדה מספרת שהמבצר החליף מבצר קודם בלודרובה, כ-16 קילומטרים מג'איסלמר, שממנו ג'איסל לא היה מרוצה משום שלא היה מוגן מספיק. כך הוקמה בירה חדשה כאשר ג'איסל ייסד את העיר ג'איסלמר.[1]

בסביבות 1293–94 לספירה, התמודד ראוול ג'תסי עם מצור בן שמונה עד תשע שנים שהטיל הסולטאן עלאא א-דין אל-ח'לג'י מסולטנות דלהי על המבצר, שנטען שזעמו של הסולטאן התעורר בשל פשיטה של כוח מחמולת בהאטי על שיירת האוצרות שלו. בסוף המצור, כשהיה ברור שהם עומדים בפני תבוסה ודאית, ביצעו נשות חמולת בהאטי ג'אוהר (אנ') (הצתה עצמית), והלוחמים הגברים פגשו את מותם בקרב עם כוחות הסולטאן. במשך שנים אחדות לאחר המצור המוצלח, המבצר נותר נטוש, לפני שבסופו של דבר הוא נכבש מחדש על ידי כמה מבני חמולת בהאטי ששרדו.[2]

בתקופת שלטונו של רוואל לונאקראן, בשנים 1530–1551, הותקף המבצר על ידי ראש שבט אפגני בשם אמיר עלי. כאשר נראה היה לרוואל שהוא עומד להפסיד בקרב, הוא שחט את נשותיו מכיוון שלא היה מספיק זמן לארגן ג'אוהר. באופן טרגי, תגבורת הגיעה מיד לאחר ביצוע המעשה וצבא ג'איסלמר ניצח בהגנה על המבצר.

בשנת 1541 לספירה נלחם רוואל לונאקראן שוב, והפעם בקיסר האימפריה המוגולית הומאיון כאשר האחרון תקף את המבצר בדרכו לאג'מר (אנ'). רוואל לונאקראן הציע להשיא את בתו לאכבר, בנו של הקיסר. המוגולים שלטו במבצר עד 1762, כאשר מהארוואל מולראג' השתלט על המבצר.

ההסכם בין חברת הודו המזרחית הבריטית לבין מולראג' ב-12 בדצמבר 1818 אישר את השליטה של מולראג' במבצר והובטחה במסגרתו הגנה מפני פלישה. לאחר מותו של מולראג' בשנת 1820, ירש את המבצר נכדו, גאג' סינג.

התקדמות השלטון הבריטי בהודו, עליית הסחר הימי וצמיחת נמל בומביי הביאו לירידה כלכלית הדרגתית של ג'איסלמר. לאחר העצמאות וחלוקת הודו, נסגר נתיב הסחר העתיק לחלוטין, ובכך העיר איבדה לצמיתות את חשיבותה מהעבר במסחר הבינלאומי. אף על פי כן, חשיבותה האסטרטגית המתמשכת של ג'איסלמר הודגמה במהלך המלחמות ב-1965 וב-1971 בין הודו לפקיסטן.

אף על פי שהעיירה ג'איסלמר כבר לא משמשת כעיר מסחר חשובה, או שיש לה תפקיד צבאי מרכזי, כלכלת העיר נהנית מהיותה יעד תיירותי מרכזי. בתחילה כל האוכלוסייה של ג'איסלמר התגוררה בתוך המבצר, וכיום המבצר הישן עדיין כולל אוכלוסייה בת כ-4,000 תושבים, רובם צאצאים מקהילות ברהמינים וראג'פוטים. שתי הקהילות הללו שימשו בעבר ככוח העבודה של שליטי חמולת הבהאטי של המבצר, ושירות זה זיכה אז את העובדים במגורים על ראש הגבעה ובין כותלי המבצר. עם הגידול האיטי באוכלוסיית האזור, רבים מתושבי העיירה עברו בהדרגה למרגלות גבעת טריקוטה. משם התפשטה אוכלוסיית העיירה מאז במידה רבה מעבר לחומות המבצר העתיק, ואל העמק הסמוך למטה.