מגדל בלן נבנה במטרה לשמש שער כניסה ימי רשמי וחגיגי לליסבון, אך גם כחלק ממערכת הגנה על גדות הנהר טז'ו, שאת בנייתה החל ז'ואו השני כשבנה מבצרים בשתיים מהערים הסמוכות לנהר. הספינה "גרנדה נאו" (Grande Nau) הגנה על חופי מחוז בלן עד בניית המגדל על ידי מנואל הראשון.

בניית המגדל נמשכה שש שנים, מ-1514 עד 1520. תכנון המגדל נעשה על ידי האדריכל פרנסישקו דה ארודה (Francisco de Arruda), שבנה מספר מבצרים פורטוגזיים במרוקו. השפעת האמנות המורית ניכרת בקישוטים המעודנים על קשתות החלונות והמרפסות, וכן בכיפות המרובעות של מגדלי השמירה. בתכנון המגדל השתתף, ככל הנראה, גם דיוגו דה בויטקה (Diogo de Boitaca), האדריכל הראשון של מנזר ז'רונימוש. ב-1580, כשפלשו לליסבון כוחות ספרדיים במהלך המאבק על הכתר הפורטוגזי, נכבש המגדל על ידי פרננדו אלבארש דה טולדו, הדוכס מאָלבָּה. במאות שלאחר מכן, שימש המגדל בעיקר כבית סוהר (כשהתאים במפלס הקרקע היו בדרך כלל מוצפים במים) וכנקודת מכס.

בשנות ה-40 של המאה ה-19, שיחזר המלך פרננדו השני את המגדל, עקב לחצים מצד המשורר הרומנטי אלמיידה גארט (Almeida Garrett). ב-1910 הוכרז מגדל בלן כאתר לאומי.