מערת נפטון (באיטלקית: Grotta di Nettuno) היא מערה השוכנת בבסיסו של קאפו קאצ'יה (Capo Caccia), מצוק העשוי מסלעי גיר ודולומיט, סמוך למפרץ פורטו קונטה בצפון-מערב סרדיניה.

עקב חדירת מי גשמים נוצרו בחלל המערה נטיפים וזקיפים. בניגוד למערות נטיפים אחרות, עקב סמיכותה של המערה אל הים נוצרו בה בריכות מים מלוחים אשר מפלסן זהה למפלס פני הים. קרני האור המגיעות אל המערה מהפתחים יוצרות שילוב של מראות צבעוניים באולמות המערה בהתאם לשעות היום. אורך מסלולי המערה מגיע ל-4 ק"מ אך רק 580 מטר מהם פתוחים לקהל.

הכניסה והיציאה מהמערה היא אחת ושוכנת בגובה של מטר בודד מעל פני הים. דרך כניסה זו מתאפשרת ההגעה אל המערה לבאים דרך הים ולאלה היורדים אליה דרך שביל בן 656 מדרגות לאורכו של המצוק, המכונה "אסקאלה דל קבירול" (Escala del Cabirol - "מדרגות העז"). בעת סערה אין אפשרות להגיע למערה כלל, לא דרך הים ולא דרך השביל היבשתי.

המערה התגלתה במקרה על ידי דייג במאה ה-18, ובמקום התגלו שרידים קדומים של כלב ים נזירי מצוי. המדרגות היורדות מהמגדלור אל המערה נחצבו בשנת 1954.