נמל ניהאון נבנה בשנים 1670 עד 1673 ביוזמת מלך דנמרק, כריסטיאן החמישי. את התעלה חפרו אסירי מלחמה שוודים שנשבו במלחמת דנמרק-שוודיה (1658-1660) (חלק מהמלחמה הצפונית הקטנה). הנמל שימש שער ימי לעיר העתיקה של קופנהגן, כאשר כיכר המלך החדשה שימשה נקודת שינוע לסחורות של ספינות סחר ולשלל דגים. בעבר היה ידוע האזור לשמצה בשל ריבוי המסבאות ובתי הזונות ונודע כמעוזם של מלחים שיכורים.

ב-8 בפברואר 1875 נחנך לראשונה גשר החוצה את ניהאון. היה זה גשר עץ זמני, שהוחלף ב-1912 לגשר הנוכחי.[1]

בהמשך גדלו ממדיהן של ספינות היוצאות לשיט ימי בינלאומי, וקוטרו הקטן של הנמל לא התאים לצורכיהן. כך החל הנמל לשמש בלעדית לתעבורת כלי שיט קטנים לשם הובלת מטענים בתוך דנמרק עצמה. לאחר מלחמת העולם השנייה תפסה תעבורה יבשתית תפקיד זה, ותנועת כלי שיט קטנים להעברת מטען נעלמה מהנמל, שנשאר כמעט ריק מספינות.

באמצע שנות ה-60 של המאה ה-20 נוסדה "אגודת ניהאון" (בדנית: Nyhavnsforeningen) במטרה להפיח חיים חדשים באזור הנמל. בשנת 1977 הוכרז ניהאון על ידי ראש עיריית קופנהגן כנמל במעמד מוזיאון של סירות עתיקות. בשנת 1980 הותאם רציף הנמל למעבר הולכי רגל - קודם לכן הוא שימש כאזור חנייה, בשנים שבהן נרשמה ירידה בפעילות בנמל.[2] מאז הפך הנמל לאזור פופולרי בקרב תיירים ותושבי העיר, והחל לשמש פרקטית ככיכר לפי האדריכלים יאן גהל ולארס גמזו.[2]