האזור בו שוכנת קואנקה היה מיושב, ככל הנראה, כבר בתקופת הברזל. עם הגעת המוסלמים לספרד ב-711, הם הבחינו בתנאים הטופגורפיים של האזור, והקימו בו מבצר בשם קונקה, וממנו יצאו מאוחר יותר לכיבוש טולדו. ב-1011, הפכה העיר לבירת האזור. כתוצאה מכך הואץ פיתוחה. היא בוצרה, אוכלוסייתה גדלה, וכלכלתה שגשגה בזכות תעשיית הטקסטיל שהתפתחה בה ומפעל שנהב שהוקם בה.

ב-1177 כבש את העיר אלפונסו השמיני, מלך קסטיליה, והיא חזרה לשלטון הנוצרים. תעשיית הטקסטיל בעיר המשיכה לשגשג, ואולם החל מהמאה ה-16 דעכה העיר, ואיבדה מחשיבותה לטובת ערים אחרות בקסטיליה.