במקום התקיים יישוב עתיק שקם במאה ה-5 אם כי יש המתארכים את הקמתו לאחר הכיבוש הערבי. בעיר, שמשמעות שמה בברברית היא "מקום מוצל", התגוררו חמישה שבטים ברברים ברבעים נפרדים, והיא הייתה עד מהרה לנקודה חשובה בדרכי המסחר שחצו את הסהרה ולמרכז דתי אסלאמי. באותם ימים הייתה זו עיר חשובה באימפריה הגנאית.

במאה ה-13, נכבשה ולאתה על ידי אימפריית מאלי. העיר שנחשבה לעיר מסחר מרכזית הפכה לאחת מהערים שסימנו את הגבול הצפוני של האימפריה. העיר שימשה כנקודת כניסה לאימפריה עבור סוחרים, שנעו בעזרת שיירות גמלים, והביאו מלח מהצפון, מצרך חיוני באזורי האימפריה ששכנו בפנים היבשת. המידע המפורט אודות ולאתה באותה תקופה קיים בזכות ביקורו של הנוסע המפורסם אבן בטוטה שעבר בעיר ובאזור. אחד הסימנים הראשונים להיחלשותה של האימפריה של מאלי היה כיבושה של ולאתה בידי בני שבט הטוארג.

ב-1446 התיישבו בעיר פליטים שנמלטו מפני שבטי הטוארג ואלה העניקו לעיר מעמד של מרכז לימודי, אך לאחר שאלה עזבוה ודרכי הסחר נעו מזרחה, ירדה חשיבותה של ולאתה. במאה ה-17 איבדה העיר את האוטונומיה שלה כתוצאה מהגעתם של שבטים ערביים לאזור, ובסוף המאה ה-19 שקעה באופן סופי בשל בצורת והתקפות.