מקדש ואט פהו מכונה על שם האזור בהודו בו חי בודהה. קודם להקמת המקדש במקום זה ניצב במקום בית ספר לרפואה תאילנדית מסורתית.

בשנת 1767 תקף צבא בורמה את איוטהאיה, הבירה הקדומה של תאילנד, והרס את מקדש ואט סי סאנאפט, ואת פסל הבודהה הגדול שניצב בו. בעקבות ההרס הורה מלך תאילנד ראמה הראשון על שילוב הריסות הפסל במקדש שיוקם באתר ואט פהו. עבודות הקמת המקדש החלו בשנת 1788. המקדש שופץ על ידי המלך ראמה השלישי, והציב את לוחות הטקסטים הרפואיים שבמקדש (לוחות שקיבלו הכרה במסגרת תוכנית זיכרון העולם של ארגון אונסקו ב-21 בפברואר 2008).

באתר המקדש ממוקם עץ בודהי אשר גדל מחוטר של העץ המקורי, אשר על פי האמונה הבודהיסטים תחתיו ישב בודהא בעת שהמתין להארה.

המקדש שופץ בפעם השלישית בשנת 1982.