ראשוני הספרדים הגיעו לקורסאו ה-1499 ודחקו ממנו את תושביה הילידים, אינדיאנים בני שבט האראוואק. ב-1634 השתלטו ההולנדים על האי, וחברת הודו המערבית ההולנדית הקימה את פונדה, שמקור שמה במילים ההולנדיות "דה פונט" (De punt), היינו "הנקודה", על חופו המזרחי של מפרץ סינט אנה. יהודים מספרד ומפורטוגל הגיעו אל העיר דרך אמסטרדם במהלך המאה ה-16 ותרמו רבות לאופיה. ב-1730 היוו יהודי העיר מחצית מתושביה הלבנים. רובע אוטרובאנדה שנוסד בשנת 1707 נחשב עם ייסודו ל"עיר החדשה", וכיום הוא מהווה את המרכז התרבותי של וילמסטאד. משמעו של "אוטרו בנדה" בשפת פאפיאמנטו הוא "הצד האחר", והכוונה למיקומו של הרובע בצידו האחר של מפרץ סינט אנה.

למעט שתי תקופות שלטון בריטיות קצרות ב-1800–1803 וב-1807–1816 היה האי למושבה הולנדית עד 1955, ועמד בקשרי מסחר הדוקים עם היישובים האנגליים, הספרדיים והצרפתיים שלחופי דרום אמריקה והאיים הקריביים. קשרים אלה, במיוחד עם המושבות הספרדיות השפיעו על התרבות המקומית, בעוד שהשפעה אפריקאית מקורה בהיותו של האי מוקד לסחר עבדים.

בשנת 1969 פקדו מהומות אלימות את העיר על רקע התקוממות עובדים. מספר בני אדם מצאו את מותם, ראש איגוד העובדים נורה ונפצע ובתים הועלו באש. כוח של 300 חיילים הגיע לאי על מנת להשליט סדר בעיר.