Հնագույն ժամանակներում Նաջրանը հանդիսանում էր խունկի և Միրրաի արտադրության կարևորագույն կենտրոն[1]։ Քաղաքի միջով անցնում էր առևտրի ճանապարհ, որը հայտնի էր որպես «քաղցրաբույր» անունով, որը կապում էր Արաբյան թերակղզու հարավը Միջերկրածովի և Մեսոպատամիայի տարբեր շրջանների հետ։ 25 մ.թ.ա. քաղաքը զավթում է հռոմիացի զորավար Էլիյ Գալլը, որը կատարում է արշավանք կայսր Ավգուստի հանձնարարականով[2]։.

VI - VII դարի առաջին կեսի ժամանակաշրջանում Նաջրանում գոյություն ուներ խոշոր քրիստոնեական համայնք[1]։. Առանձին աղբյուրներ վկայում են, որ 518 թվականին քրիստոնեական համայնքը ջախջախվում է Յուսուֆ Զու-Նուվասոմի կողմից , իսկ քրիստոնեաներին այրում են չորացած գետի հունում[3][4]։. Մոտավորապես 520 թվականին, կայսեր Յուստին Iի խնդրանքով Ակսումա թագավոր Կալեբը արշավանք է կատարում հիմյարիտների եմենյան պետություն։ Եպիսկոպոս Գրիգորի Օմիրիտսկիի վարքում նշված է, որ այդ արշավանքի ընթացքում ազատագրվում է Նաջրանը ևս։ Նրանում խոսվում է նաև այն բանի մասին, որ այդ քաղաքում եղել է հրեականության ուժեղ համայնք, որոնք անցնում են քրիստոնեության Գրիգորի եպիսկոպոսի օրոք։ 523 թվականին քաղաքը զավթում է եբրայական կրոն ընդունած թագավոր Հիմյար Յուսուֆ Զու-Նուվասոն, այդ ընթացքում Եթովպիայում քրիստոնեության ազդեցության աճման վախից ելնելով, սպանվում են բազմաթիվ խոստովանված քրիստոնեա քաղաքացիներ՝ քաղաքապետ Արեֆաի գլխավորությամբ (վարքագրական գրականության մեջ խոսվում է 4 299 քրստոնեաների մասին[5],որոնք սպանվեցին Արեֆայի հետ միասին)[6]։ Նաջրանի խաղաղ բնակիչների այս սպանությունը քննադատվել է Ղուրանում, (տես նաև)՝ Ասխաբ Ալ-ՈՒխդուդ։ ՈՒղղափառ եկեղեցին Նաջարացի տանջվածների օր է հիշատակում Կաղապար:СС[7]. 623 թվականին Նաջրանը զավթում է զորավար և զինակից Մուհամմադ Խալիդ իբն ալ-Վալիդը։ Տասերորդ տարում մարգարե Մուհամեդի հիջրաներ են այցելում 14 նաջարացի քրիստոնեաներից կազմված պատգամավորականներ, որոնց թույլատրում էին աղոթել մզկիթում։ Այցելության և կրոնական բանավեճի ընթացքում համաձայնագիր է կնքվում մուսուլմանների և Նաջարիայի քրիստոնեաների միջև, որը պահպանվում է Մուհամմեդի և Աբու Բակրաի օրոք։ Բայց արդեն երկրորդ իսլամ խալիֆ ՈՒմար իբն Հատտաբի օրոք, քաղաքում մնացած քրիստոնեաներին վտարում են Արաբիայից [8]։.

Մինչ մուսուլմաների կողմից քաղաքի զավթումը,Նաջրանում ապրում էին հրեաներ։ Նրանցից հետո հրեաները, որոնք ապրում էին քաղաքում, ունեին զենք կրելու իրավունք, ինչպես նաև օգտվում էին քաղաքացիական մի շարք իրավունքներից։ Նրանցից ոմանք զբաղվում էին անասնապահությամբ և հողագործությամբ, և ազատված էին ջիզիի վճարումներից[9]։. 1934 թվականին, Սաուդյան Արաբիա թագավորության կազմի մեջ քաղաքը անցնելուց հետո, հրեա բնակչությունը հետապնդման է ենթարկվում, ինչն էլ հանգեցնում է շուրջ 200 հրեաների փախուստը Նաջրանից դեպի Ադեն։ Փախստականները տեղավորվում են Հաշիդ ճամբարում,իսկ հետո օդային տարածքով անցնում են Իսրայել[10]։.

Նաջրանը (Նաժրան) քաղաքը սկզբնական շրջանում (1926 թվականից) չէր մտնում Սաուդյան Արաբիայի կազմի մեջ, այլ եմենյան քաղաք էր։Եմենի շրջանը բռնի կերպով անջատվեց Եմենից սաուդյան թագավոր Աբդուլ-Ազիզ իբն Աբդուրրախման Ֆեյսալ Ալ Սահուդի կողմից միայն 1931 թվականին[11]։ Տեղացի անհնազանդ բանու-յամ ցեղի խնդիրները լուծելու համար, առաջին սահուդյան թագավորը ցեղերի առաջնորդների հետ պայմանագիր է կնքում, իր տեսակով՝ միություն։ Առաջնորդները համաձայնվում են մտնել սաուդիների թագավորության կազմի մեջ , բայց լայն ինքնավարության իրավունքով։ Նրանց խոստանում են շատ նյութական տարբեր բարիքներ գանձարանից , ինչպես միանգամյա, այնպես էլ ամբողջ տարվա։ Բայց տեղացիների խնդիրները սահուդիացիների հետ շարունակում են առաջանալ նաև հետո, չնայած թագավորության ջանքերի ներդրմանը։

2000 թվականին տեղացի իսմաիլիտները զինված ապստամբություն են բարձրացնում, որը Սաուդյան Արաբիայի զինվորներին հաջողվում է ճնշել ուժով [12]։

Եմենում քաղաքացիական պատերազմի ընթացքում, որին 2015 թվականի փետրվարից խառնվում է Սաուդյան Արաբիան, իրավիճակը այդ սահմանամերձ շրջանում (մինչ այժմ նշանագծված չի Եմեն պետության հետ սահմանները), բարդանում է։ Տեղացի ընդդիմադիր «Ախրար Էն-Նաջրանի» մարտիկները, ակնհայտ և ոչ բացահայտ, հուսիտների կողմից Եմենից սատարման ընթացքում, զավթում են Էլ-Մաշիլի Նաջրանի շրջանի զինվորական բազան, Նաջրան քաղաքից ընդամենը 10 կիլոմետր դեպի հարավ[13][14]։