Pembangunan masjid Agung Sheikh Zayed merupakan gagasan dari pendiri Negara UEA, Sheikh Zayed Al Nahyan. Setelah Sheikh Zayed wafat pada tahun 2004, proses pembangunan masjid dilanjutkan oleh putranya. Penyelesaian proyek pembangunan masjid ini di bawah perintah langsung dari Sheikh Khalifa bin Zayed Al Nahyan, presiden Uni Emirat Arab, di bawah pengawasan saudaranya Jendral Sheikh Mohamed bin Zayed Al Nahyan, yang merupakan putra mahkota Abu Dhabi sekaligus sebagai wakil Panglima Angkatan bersenjata UEA. Dan di bawah supervise dari Sheikh Mansoor bin Zayed Al Nahyan, Wakil perdana menteri dan menteri urusan kepresidenan.