Masjid ini dibangun pada tahun 1658, pada masa pemerintahan Ibrahim Iskandar I (1648–1687). Masjid ini dibangun di atas masjid sebelumnya yang dibangun pada tahun 1153 oleh Sultan Muslim pertama di Maladewa, Mohamed Bin Abdullah, setelah ia menjadi Muslim. Meskipun masjid yang lebih tua tercatat diperbaharui oleh Ahmed Shihabuddeen pada tahun 1338, tidak ada catatan tertulis yang membuktikan hal ini.[1] Pada tahun 1656, Iskandar mulai membangun sebuah masjid baru ketika yang lama menjadi terlalu kecil seiring dengan meningkatnya jumlah umat. Pembangunannya, yang memakan waktu satu setengah tahun, selesai pada tahun 1658. Dengan bahan utama batu koral, masjid ini awalnya memiliki atap jerami (merupakan hal yang umum pada masa itu).[1] Setelah ibadah haji tahun 1668, Ibrahim I mulai membangun sebuah munnaaru ( menara ) dan sebuah gerbang di ujung selatan masjid. Menara tersebut, berpola pada orang-orang di pintu masuk Mekah, dikelilingi oleh pemakaman abad ke-17 dengan batu nisan dan makam yang diukir dengan rumit.[1] [2]

Pada tahun 1904, Muhammad Shamsuddeen III (1902–1934) mengganti atap jerami dan gerbang selatan dengan lembaran seng. Renovasi lebih lanjut dilakukan pada tahun 1963, mengubah penyangga atap menjadi kayu jati dan mengganti lembaran seng dengan aluminium. Pada tahun 1987 dan 1988, sebuah tim India dari Laboratorium Riset Nasional untuk Konservasi Kekayaan Budaya dan Pusat Penelitian Linguistik dan Sejarah Nasional di Malé melakukan pekerjaan konservasi di masjid.[1]

Masjid tertua di Maladewa, [3] telah digunakan terus menerus sejak dibangun.[1] Masjid ini dilaporkan dibangun di atas kuil kuno yang ada sebelum Islam; kuil asli menghadap matahari terbenam, bukan Mekah. [4]