Thebes sudah dihuni sejak seminar tahun 3200 SM.[1] Kota ini adalah ibu kota dari Waset, nome Mesir Hulu keempat. Kota ini juga merupakan ibu kota Mesir selama dinasti kesebelas Mesir dan dinasti kedelapanbelas Mesir, ketika Hatshepsut membangun armada Laut Merah untuk memfasilitasi perdagangan antara pelabuhan Laut Merah Thebes di Elim dengan Elat di Teluk Aqaba. Para pedagang membawa kemenyan frankincense, mur, bitumen, natron, lenan tenun halus, minyak juniper dan amulet tembaga untuk industri pemakaman di Karnak dengan emas Nubia. Dinasti ke-19 Mesir kemudian memindahkan pusat pemerintahan ke delta sungai Nil, namun kota Thebes tetap merupakan kota penting. Peninggalan sejarah di Thebes memberikan bukti tingginya kejayaan budaya Mesir kuno. Penyair Yunani, Homer, mengagungkan kekayaan Thebes dalam karyanya Iliad, Jilid 9 (abad ke-8 SM): "... di Thebes, Mesir, tumpukan batangan emas mulia bercahaya, Thebes yang mempunyai ratusan gerbang." Raja Asyur, Asyurbanipal, menghancurkan dan menjarah kota ini serta membantai penduduknya termasuk anak-anak pada tahun 663 SM, seperti diabadikan dalam ukiran di istana Niniwe. Kota ini dibangun kembali pada tahun 654 SM, pada zaman Firaun Psamtikus.