È stata per secoli una delle più importanti città della Transoxiana islamica, sita a oriente del Khorasan. Di essa era nativo Bukhari, il massimo tradizionalista di tutta la storia dell'Islam.

Durante l'invasione mongola, fu distrutta da Gengis Khan e cadde poi sotto l'influenza di Tamerlano. Più tardi divenne famosa come Khanato di Bukhara e in questo periodo vide svilupparsi considerevolmente la sua economia grazie ai ricchi traffici mercantili che la coinvolgevano, sorgendo sulla via della seta. La città divenne così di nuovo un importante centro religioso dell'Asia; si costruirono numerose moschee e madrase che testimoniano ancora oggi uno splendido passato.

Tra il 1261 e il 1264 vi vissero per tre anni Niccolò e Matteo Polo, prima di partire verso la corte di Kublai Khan.[1] Più tardi divenne un emirato, protettorato dell'Impero russo a fine Ottocento, e poi Repubblica Sovietica.