Nonostante l'atmosfera dovuta al turismo di massa e le numerose facilities per gli ospiti stranieri, Cabo San Lucas conserva ancora il fascino della sua antica storia. Si ritiene che i primi insediamenti umani nel sud della Baja, risalgano a 10.000 anni fa.[1] I primi coloni europei, al loro arrivo nella zona vi trovarono alcuni nomadi della tribù dei Pericúes o Pericù che vivevano con una dieta basata su caccia, pesca, semi e radici. I locali chiamavano questa zona Yenecamú.[2]

Secondo la descrizione di Hatsutaro, un marinaio giapponese naufragato e poi salvato da una nave spagnola nel 1841, contenuta nel suo libro Kaigai Ibun, Cabo San Lucas nel maggio 1842 contava soltanto due case e circa venti abitanti. Gli autori americani Henry Edwards e John Ross Browne sostengono che il fondatore di Cabo San Lucas fu un inglese chiamato Thomas Ritchie, giunto in zona verso il 1828 e morto intorno all'ottobre 1874. Il fondatore moderno della città sarebbe invece secondo altre fonti Cipriano Ceseña nel 1788, un uomo giunto da Hermosillo, nella regione di Sonora.[3]

Nel 1917, alcuni imprenditori statunitensi vi installarono una piattaforma galleggiante per la caccia al tonno e successivamente fondarono la Compañía de Productos Marinos che diede impulso allo sviluppo della zona. La compagnia durò in essere per qualche anno.[2]