Le fondazioni dell'edificio risalgono al 1147, quando sul luogo dell'attuale cattedrale venne realizzata una chiesa di pianta romanica. Una seconda più grande struttura sempre di pianta romanica fu edificata nel XIII secolo, e di essa ci rimangono il Portale dei Giganti e le Torri dei Pagani. Fu solo tra il XIV e il XV che la chiesa assunse una conformazione gotica. Ulteriori aggiunte vennero effettuate dagli Asburgo, tra cui l'edificazione della torre settentrionale. Nel 1515 vi venne celebrato il doppio matrimonio tra i nipoti di Massimiliano e i figli del re di Ungheria. Nel 1916 vi si tennero i funerali dell'imperatore Francesco Giuseppe. La cattedrale fu gravemente danneggiata dai bombardamenti degli Alleati e dall'incendio che ne seguì nel 1945. Tre anni più tardi vennero completati i lavori di ricostruzione e restauro della chiesa.