Le prime notizie storiche sulla città "Cidamo" (italianizzazione del lemma latino col nome di Cidamus) risalgono all'epoca romana, quando, a partire almeno da Diocleziano, fu oggetto di stabile occupazione come avamposto fortificato contro i nomadi Getuli e Garamanti. Nel VI secolo l'oasi divenne anche sede episcopale a seguito della cristianizzazione operata dall'Impero bizantino.

Nel VII secolo fu presa dagli Arabi e la popolazione si convertì all'Islam. Tra l'VIII e il X secolo la sua popolazione fu ibadita, ma oggi è sunnita, di rito malikita. Ancorché ubicata al margine delle zone abitabili dall'uomo, Gadames ha svolto fino al XIX secolo un ruolo fondamentale come centro commerciale lungo le vie carovaniere transahariane.

Proprio grazie alla sua posizione strategicamente importante, gli abitanti dell'oasi rimasero a lungo sostanzialmente indipendenti, giocando abilmente sulle rivalità tra Tunisia, Tripolitania e tuareg. Solo alla metà del XIX secolo Gadames accettò l'autorità dei turchi di Tripoli. La colonizzazione italiana della Libia iniziò nel 1911, ma solo nel 1913 cominciò la conquista dell'interno, e solo nel 1924 Gadames poté essere sotto il pieno controllo italiano. A causa della sua singolarità urbanistica e della sua relativa vicinanza, Gadames negli anni trenta divenne la meta di una gita con autopullman di gran turismo che partivano settimanalmente da Tripoli.

Durante la seconda guerra mondiale Gadames venne occupata dai Francesi nel 1943 insieme al resto del Fezzan, e rimase sotto il loro controllo fino a quando venne integrata nello stato libico nel 1956.