L'esploratore Gene Savoy è stato erroneamente indicato come lo scopritore delle rovine nel 1965. In realtà il sito venne scoperto da alcuni abitanti della città di Pataz nel 1964. Savoy pubblicizzò la scoperta alla stampa ponendola come sua. Nel 1966 il governo peruviano sistemò una piattaforma per elicotteri e rimosse molta della vegetazione che circondava il sito. Molti anni dopo, queste azioni vennero criticate a causa della delicata natura del sito archeologico. Senza la protezione della vegetazione, le rovine di pietra iniziarono a deteriorarsi rapidamente.[1]

Nel 1985, una squadra condotta dal dipartimento di antropologia dell'Università del Colorado fece iniziare un progetto di ricerca a Pajaten. La spedizione venne pubblicizzata ampiamente, e questa seconda investigazione portò a discussioni riguardo all'apertura del sito al turismo. Una spedizione peruviana, effettuata nel 1990, eliminò altra vegetazione dalla zona, causando altri danni alle rovine.