Le origini della Canea risalgono all'epoca minoica. Nei secoli seguenti fu conosciuta con il nome di Cidonia. Fu colonia romana e alla morte di Teodosio I fece parte dell'impero romano d'oriente. Dopo la quarta crociata passò sotto il dominio veneziano tranne una breve parentesi di dominio genovese (1267-1290). I veneziani minacciati dai turchi ottomani la cinsero di poderose mura sotto la guida di Michele Sanmicheli. Tuttavia gli Ottomani riuscirono ad espugnarla nel 1645 dopo un breve assedio. Sotto il dominio ottomano restò fino al 1898. In seguito alla concessione di uno statuto autonomo a Creta, ne divenne la capitale. Dopo l'unione dell'isola con la Grecia conservò il suo ruolo di capitale regionale fino al 1971, anno in cui il titolo passò alla città di Candia. Durante la seconda guerra mondiale subì ripetuti bombardamenti nel corso dell'operazione di invasione messa a punto dalle forze naziste e nella successiva battaglia di Creta.