La zona di Lamanai venne occupata in epoche antiche. La città diventò un centro importante nel periodo pre-classico, dal IV secolo a.C. al I secolo, e continuò a venire occupata fino al XVII secolo. Durante le incursioni spagnole nello Yucatán vennero create due chiese cattoliche, tuttora ristrutturate periodicamente.

La maggior parte del sito non venne esaminata fino al 1975 circa. Gli scavi archeologici sono maggiormente concentrati sulle strutture più grandi, come il Tempio delle Maschere, la Struttura N10-9 Tempio delle Maschere del Giaguaro, e il Tempio Alto. La cima del Tempio Alto permette di vedere il paesaggio della giungla vicino a un lago, parte del fiume New. Una parte del Tempio del Giaguaro rimane sotto ad uno strato di arbusti e di giungla.