Il mausoleo è stato costruito nel 1186 nella parte occidentale della città di Naxçıvan (all'interno del Complesso architettonico di Atabek nel centro storico della città di Nakhchivan). Il mausoleo è l'unico monumento che è giunto ai nostri giorni da quel complesso che c'era prima. Shamsaddin Eldaniz, il fondatore dello stato azerbaigiano Atabeyler (Eldiguzidi), iniziò a erigere un mausoleo sulla tomba di sua moglie, Momine Khatun. Tuttavia, la sua costruzione fu terminata da Mahammad Jahan Pahlavan, figlio di Shamsaddin Eldeniz, nel 586 d.C., nel mese di Muharram (aprile 1186).[1] Secondo alcuni ricercatori, Shamsaddin Eldaniz, il sovrano dello stato di Atabaylar, sua moglie Momine Khatun e suo figlio Mahammad Jahan Pahlavan furono sepolti nel mausoleo. In seguito, le pietre tombali delle persone sepolte nella tomba probabilmente furono derubate e portate via.

Le foto e i dipinti del XIX secolo mostrano che attorno al mausoleo c'erano edifici monumentali e anche la moschea Jameh. Il suo architetto, Adjemi ibn Abubekr (detto anche Adjemi Nakchivani), costruì anche il vicino mausoleo di Yusuf ibn Kuseyir.[2]

Il mausoleo fu presumibilmente costruito inizialmente insieme ad una madrasa: i dipinti e le fotografie del sito del XIX secolo confermano che esisteva una madrasa come parte di un complesso religioso ed educativo che non esiste oggigiorno.[3]

Il mausoleo è stato restaurato nel 1999-2003, come parte del progetto di sostegno al patrimonio culturale dell'Azerbaigian da parte della Banca Mondiale.[4] È stato rappresentato sul lato opposto della banconota dell'Azerbaigian da 50.000 manat fra gli anni 1996-2006.