Clonmacnoise fu fondato nel 545 da San Ciarán nel luogo dove le principali strade dell'epoca da est ad ovest si incontravano, attraverso le brughiere dell'Irlanda centrale fino ad Eiscir Riada, una morena (o esker in Irlanda, da eiscir appunto) sullo Shannon creatasi col ritiro dei ghiacci dell'ultima era glaciale. San Ciarán era stato un discepolo di San Diarmuid e San Finnian di Clonard.

Poco dopo il suo arrivo, Ciarán incontrò Diarmait mac Cerbaill che lo aiutò a costruire la prima chiesa — una piccola struttura lignea e la prima di tante piccole chiese ad essere dotate di un chiostro. Diarmuid presto reclamò l'onore di essere appellato come primo Sovrano supremo d'Irlanda cristiano.

Ciarán morì dopo un anno dell'imperversare della peste gialla, alla giovane età di poco più di trent'anni.