Di questo monastero non si conosce l'esatta origine, motivo per il quale fu oggetto di leggende e speculazioni nel passato, quali la sua fondazione da parte di monaci che erano sbarcati qui con reliquie di san Pietro e altri santi per sfuggire alle orde barbariche che avevano colpito Roma, e che sarebbero poi stati autorizzati da papa Bonifacio IV alla costruzione del monastero. Storicamente la prima testimonianza dell'esistenza di un luogo di culto risale all'878 e si trattava di una piccola cella monastica consacrata a san Pietro. A partire dal 945 viene considerato un monastero a tutti gli effetti, indipendente e retto da un abate, crescendo d'importanza anche perché nel frattempo era diventato un centro di pellegrinaggio dato che vi si celebravano i giubilei con remissione dei peccati fino al secolo XVII, quando iniziò a perdere importanza e fu saccheggiato diverse volte. Nel 1793 venne abbandonato dai monaci che si ritirarono a Figueres (capoluogo della comarca) fino allo scioglimento della comunità nel 1809.

Nel 1930 venne dichiarato monumento nazionale e nel 1935 iniziarono le prime opere di restauro finanziate dalla Generalitat de Catalunya.