Istituto educativo e di ricerca dedicato alla comprensione della diversità culturale e l'esplorazione della storia del genere umano, il Museum of Archaeology and Anthropology, ha condotto più di 400 spedizioni archeologiche ed antropologiche in tutto il mondo dopo la sua fondazione, ad opera di William Pepper, nel 1887. Il rettore Pepper convinse il consiglio di amministrazione dell'Università della Pennsylvania sulla opportunità di erigere un edificio a prova di fuoco per ospitare oggetti recuperati da una spedizione nell'antico sito di Nippur nell'odierno Iraq (allora parte dell'Impero ottomano). Fra il tardo XIX secolo e l'inizio del XX, i musei nordamericani ed europei sponsorizzavano regolarmente tali scavi in tutto il Mediterraneo e Vicino Oriente, condividendo la proprietà delle loro scoperte con il paese ospitante. Il museo Penn seguì questa pratica per acquisire la stragrande maggioranza delle sue collezioni, e, di conseguenza, la maggior parte degli oggetti del Museo hanno un contesto archeologico noto, aumentando il loro valore per la ricerca e la presentazione archeologica e antropologica. Oggi il Museo è strutturato su tre piani di gallerie contenenti reperti provenienti dal mondo antico mediterraneo: Egitto, Mesopotamia, Asia meridionale e orientale, Mesoamerica, nonché manufatti dei popoli nativi delle Americhe, Africa e Oceania. Dal 1958, il Museo Penn ha pubblicato la rivista Expedition Magazine (ISSN 0014-4738)[1].Gli scavi e le collezioni del Museo forniscono risorse per la ricerca agli studenti dell'università e il Museo ospita il gruppo dei laureati in Arte e Archeologia del mondo mediterraneo.

Il 19 novembre 2008, l'amministrazione dell'University of Pennsylvania Museum, annunciò la decisione di terminare 18 ricerche archeologiche e antropologiche nel mondo del Mediterraneo[2] in Medio oriente e nelle Americhe, con il 31 maggio 2009.[3] Venne chiuso anche il centro di ricerca scientifica MASCA (Museum Applied Science Center for Archaeology), anche se gli scienziati Masca sono stati spostati in altre sezioni all'interno del museo. La decisione ha ricevuto critiche locali e mondiali tra gli archeologi e le comunità interessate, che hanno ritenuto la decisione come una deviazione dalla missione originaria del Museo Penn costituito come un istituto di ricerca sin dalla sua fondazione nel 1887. Gli amministratori del museo hanno replicato che questa è stata una misura presa a causa della crisi finanziaria e dei drastici tagli di finanziamenti presso l'Università della Pennsylvania.

Il primo giugno dello stesso anno, l'allora direttore Dr. Richard Hodges ha annunciato che erano state assegnate alcune nuove posizioni, appena definite, come "Associate Curator" o "Responsabile della ricerca" a 11 dei 18 ricercatori colpite dalla precedente decisione.

Il Museo ha dichiarato che il suo impegno per la ricerca resta fermo, come indicato da più di 50 progetti di ricerca attraverso i cinque continenti, che impegnano quasi 200 studiosi, più di quanto si possa trovare in qualsiasi altro istituto di ricerca archeologico e antropologico in Nord America.